Hacı Bayram-ı Veli Camii ‘nin alt katında bu amaçla inşa edilmiş bir çilehane mevcuttur. Çilehanenin biri caminin doğu kapısına açılan ancak şimdi ızgara ile kapatılan, diğeri ise son cemaat yerinin doğu köşesinde olmak üzere iki asıl girişi vardır.
Kesikbaşlar Türbesi’nin kuzeyinde bulunan iki çilehane odasının da inşa kitabesi bulunmamaktadır. Sofaya bakan duvar yüzlerindeki tuğla süslemeler, bu odaların Selçuklu dönemine ait olduğuna işaret etmektedir.
Gelibolu’nun Feneraltı Mevkiinde dik bir kayanın altında bulunan oyuk, küçük bir oda haline getirilmiştir. Yazıcızade Mehmet Efendi ünlü Muhammediye isimli eserini yedi yıl burada inzivaya çekilerek yazmıştır.
Zemini avludan yedi metre kadar aşağıda olan çilehaneye türbenin hemen arkasından on beş - yirmi basamaklı bir merdivenle iniliyor. Burası otuz metrekarelik bir kuyu üzerine oturtulmuş küçük bir kapısı ve penceresi dışında hiçbir donanımı olmayan bir barakadır esasen. Bununla diğer çilehanelere nazaran epeyce de ferahtır.