İstasyon Caddesinde bulunan, 1249 yılında Ebu’l-Kasım ibn Ali el-Tusi tarafından yaptırılmıştır.Şu anda Müftülük tarafından eğitim amaçlı kullanılmaktadır.
Gevher Nesibe Mahallesi, Mimar Sinan Parkı içinde bulunan medrese hastanesi Selçuklu hükümdarlarından 1. Gıyaseddin Keyhüsrev’in kız kardeşi Gevher Nesibe Sultan’ın vasiyeti üzerine Şifahiye adını taşıyan hastaneyi yapmış, bunun yanında ilk tıbbiye Gıyasiye adlı bir medrese kurulmuştur. Osmanlılar döneminde medrese hizmeti veren darüşşifa, Birinci Dünya Savaşı sırasında askeri amaçlarla kullanılmış, sonra yarım yüzyıl kadar kendi haline terk edilmiş ve 1960’larda onarılmıştır.
Cumhuriyet Meydanında bulunan medrese, 1267 yılında, Selçuklu vezirlerinden Sahip Ata Fahrüddin Ali tarafından yaptırılmıştır. Avluya bakan odaları işyeri olarak kullanılan medrese, aslına uygun onarılmıştır.
Mimar Sinan Parkı içindeki Selçuklu Medresesinin Kitabesi yoktur.Halk arasındaki ismi olan “Avgunlu” kelimesini Albert Gabrıel “Afgunu” olarak tesbit etmiştir.Yapı tarzı itibariyle XIII. yy. Selçuklu Medresesidir.
Medrese ve hastanenin bir arada bulunması sebebiyle halk arasında çifte medrese olarak adlandırılmışlardır.