Medrese ve hastanenin bir arada bulunması sebebiyle halk arasında çifte medrese olarak adlandırılmışlardır. Tarihi kayıtlarda, Giyaseddin Keyhüsrev tarafından yaptırıldığı için Giyasiye Medresesi ve Şifaiyesi olarak anılan yapılar; günümüzde ise daha çok kitabede de geçtiği şekilde I. Gıyaseddin Keyhüsrev’in kızkardeşi Gevher Nesibe Sultan için yaptırılmasından dolayı Gevher Nesibe Sultan Medresesi ve Darüşşifası olarak bilinmektedir.
Gıyaseddin Keyhüsrev tarafından H.602/M.1205 yılında kızkardeşi Gevher Nesibe Sultan'ın vasiyeti üzerine yaptırılmıştır. Biri medrese, öbürü şifâhane (hastane) olmak üzere iki yapıdan oluşmaktadır. Yapılardan batı tarafında bulunan şifahane, doğu tarafında bulunan ise medresedir. Medrese ve Şifâhane, Dünya'nın ilk tatbiki tıp okuludur. Her iki bina da dikdörtgen planlı olup, medresenin sağ köşesindeki türbe, Gevher Nesibe Sultan'a aitir.
Tek kat üzerine yapılmış bu çifte bina, 60 m. uzunlukta ve 40 m. genişliktedir. Asıl medrese daha ufak, hastane kısmı ise geniş ve muntazamdır. Tümüyle taştan yapılmış iki yapının planı birbirine benzer. Avlular üç yandan revaklarla çevrili, dört eyvanlıdır. Hücreler revakların arkasında yer alır. Avluların ortasında dikdörtgen havuzlar bulunmaktadır.
Medrese ve Darüşşifa’nın girişi güney yönündedir. Yapı sarımtırak kesme taşlardan yapılmıştır. Duvarların iç dolgusunda kireç harçlı moloz taş kullanılmıştır. Medrese ve Darüşşifa birbirlerine koridorla bağlı iki ayrı yapı olup, dört eyvanlı kapalı avlu plan tipindedir. Her ikisinde de 7X12 metre ölçülerinde birer havuzlu avlu vardır. Bu avlunun çevresi sivri kemerli, tonoz örtülü revaklar ve arkalarındaki odalardan meydana gelmiştir. Odaların hepsi küçük olup, revaklara açılmaktadır.