Evliya Çelebi, Seyahatname'sinde bu sarayın adını Üsküdar'ın ünlü sarayları arasında zikretmiştir. Fakat yerini belirtmemiştir. Sarayın 1645 tarihlerinde yapıldığı sanılmaktadır. Cinci Hoca sarayının yanında, Evliya Çelebi'nin "âb-ı hayat sulu bir hamam-ı lâtiftir" dediği bir de hamamı vardı. Bu çarşı hamamı bugün mevcut değildir. Cinci Hüseyin Efendi, Sultan İbrahim (1640- 1648) zamanında şöhrete ulaşmış meşhur bir efsuncudur. Nefesinin bir sinir hastası olan Padişah'a iyi geldiği rivayet olunur.
Safranbolulu Şeyh Mehmet Çelebi adlı bir zatın oğludur. 'Hâce-i Sultanî' payesiyle Anadolu Kazaskerliği'ne kadar yükselmiştir. İstanbul'a gelip, talebeliği sırasında babasından öğrendiği dualarla efsunculuğa başlamış ve şöhreti saraya kadar ulaşmıştır. Oğlunun illetine deva olur ümidiyle Mahpeyker Kösem Sultan tarafından saraya davet edilmiş ve nefesinin Sultan İbrahim'e iyi geldiği görülmüştü. Birden bire yükselmesi 'Cinci' lâkabı ile anılmasına vesile olmuştur.
Saraydaki fevkalâde nüfuzuna dayanarak, Vezir-i azam Kara Mustafa Paşa'nın, 21 Zilkade 1053 (31 Ocak 1644) tarihindeki idamına sebep olduğu bilinmektedir. Devletin başına musallat olmuş olan bu Osmanlı Rasputin'i, Sultan İbrahim'in 8 Ağustos 1648'de tahttan indirilmesinden takriben üç ay sonra tevkif edilmiş ve önce Karacabey Kasabası'na sürülmüş ve sonra orada 11 Şevval 1058 (29 Ekim 1648) tarihinde idam edilmiştir.1.920.000 duka altını parası ve bir çok emlâki devletçe zaptedilmiştir. Cinci Hüseyin Efendi'nin Üsküdar'daki bu sarayından başka İstanbul'da, Sadrazam Civankapucubaşı Mehmet Paşa Sarayı'nın karşısında, 1054 (1644-45) tarihinde yaptırmış olduğu muhteşem bir sarayı daha vardı. Cinci Hoca, Evliya Çelebi ile "1058 senesi Cumadelâhirenin sonunda" (22 Temmuz 1648) yaptığı bir konuşmada: "Cenab-ı Hak, izzet-i ilim berekâtı ile bu sarayı ve Üsküdar'da, vilayetimizde ve nice yerlerde çiftlikleri" olduğunu beyan etmiştir. Cinci Hoca'nın İnadiye Semti'nde bir kuyusu vardır. Sarayının da bu civarda olduğu sanılmaktadır.