Kitabesi olmadığından ne zaman yapıldığı ve gerçek adı bilinmez. Selçuklu Sultanı Alaaddin Keykubad'ın kızı Hundi Hatun veya İlhanlı Hanedanı'ndan Padişah Hatun tarafından yaptırılmış olabileceği düşüncesiyle buna Hatuniye Medresesi de denmektedir. Genelde 13. yy. sonlarında yapıldığı kabul edilir. Sultan IV. Murad'ın emriyle tophane haline getirilmiştir.