İznik Yenişehir Kapısı’ndan ilçe merkezine uzanan Atatürk Caddesi’ne açılan Yakup Çelebi Sokağı’nda, Böcek Ayazması yakınında bulunan Koimesis Kilisesi’nin Piskopos Hyakinthos tarafından 750 yılına doğru yaptırıldığı ileri sürülmekle beraber bazı araştırmacılar kilisenin daha eski tarihlere indiğini de belirtmişlerdir. Ancak, kilisenin içerisinde bulunan bir kitabeden ve bazı sütun başlıkları üzerindeki monogramlardan Piskopos Hyakinthos tarafından yapıldığı öğrenilmiştir.
Kilise İznik’deki önemli bir manastıra ait idi.1065 İznik depreminden sonra onarılmış ve yeni bazı eklemeler yapılmıştır. Kilisenin çöken kubbesi 1807 yılında İznik metropoliti Daniel’in isteği üzerine patrikhane görevlisi Khrysanthos tarafından tamir edilmiş, freskleri yenilenmiştir. Kilise 1833 ve 1834 yıllarında yeniden onarılmış ve bu arada yapıya bir de çan kulesi eklenmiştir. Kilise, İznik’in Osmanlılar tarafından fethinden sonra burada yaşayan Rumların ibadeti için bırakılmıştır. İstiklal Savaşı sırasında (1922) yıkılan kilisenin temelleri ile döşeme parçaları günümüze gelebilmiştir.
Kilise üzerinde 1955 yılında yapılan araştırmalardan sonra temel kalıntıları ortaya çıkarılmıştır. Bizans resim sanatı ve mimarisi yönünden de önemli bir yapı olan bu kilise yıkılmadan önce Bizans sanat tarihçileri tarafından incelenmiştir.1912'de çekilen fotoğraf ve planlar kilisenin orijinal halini göstermektedir.
Hz. Meryem’in ölümüne (Koimesis) adanan bu kilise kapalı Yunan haçı planında olup, ibadet mekanının üzerini dört payenin taşıdığı 12 köşeli bir kasnağa oturan, kiremitli 6.00 m. çapında bir kubbe ile örtülmüştür. Narteksten üç kapı ile içerisine girilen kilisenin enine dikdörtgen naosu bulunmaktadır. Ortadaki kubbeli bölüm dört yöndeki mekanlarla genişletilmiştir.
Koimesis Kilisesi’nin Bizans resim sanatında önemli bir yeri bulunmaktadır. Buradaki figürlü mozaikler ikonoklasma döneminde tahribe uğramış, 843 yılında Naukratios tarafından yenilenmiştir.1065 depreminden sonra kilisenin yıkılan bölümleri ve narteksi yenilenirken burada imparator X. Constantinos ile birlikte Nikephoros tasvir edilmiştir. Kilisenin narteksinde bulunan bir mozaik kitabede “ Ulu ve güçlü hükümdar Constantinos özen gösterdiği şu manastıra onur verdi ve yetkiyi, ünlü patrik Nikephoros'a kesin bir kararla bağışladı” yazılıdır. Bu yazıtın yanında da “Seni efendim Meryem Ana, yaptığım ve yapmayı tasarladığım eserlerin ana nedeni olarak görüyorum. Bu evin sahibesi ve efendisi olarak resmini, ey bakire, buraya ben, Nikephoros, işledim” sözleri mozaik üzerine yazılmıştır. Ayrıca kilisede İsa, Vâftizci Yohannes, Aziz Joachim ve Meryem Ana tasvirleri yer almaktadır. Absit yarım kubbesinde Hz. Meryem ayakta durmakta ve kucağında da çocuk İsa’yı taşımaktadır. Bu mozaiğin altında da “Şafak sökerken ana rahminden seni ben yarattım” sözleri yazılı idi. Bemanın iki yan duvarlarında da ellerinde labarumlar taşıyan melek figürleri bulunuyordu. Bunların altında da “Gökler onunla kıvansın ve tüm melekler önünde huşu ile eğilsin” yazılı idi. Ayrıca I. Theodoros Laskaris’in ölümünden sonra buraya gömülmüştür.