İznik merkezinde Atatürk Caddesi ile Kılıçarslan Caddesi’nin kesiştiği yerde bulunan İznik Ayasofya’sının yapımı ile ilgili bir kitabe bulunmamaktadır. Büyük olasılıkla bu yapı Roma dönemine ait bir yapının temelleri üzerine yapılmıştır. Kilisenin yapımı ile ilgili çeşitli iddialar ortaya atılmıştır. Bunlara göre IV-VIII.yüzyıllar arasına tarihlendirilmektedir.
Sultan I. Murat’ın annesi Nilüfer Hatun’un anısına 1388 yılında imarethane olarak inşa edilmiştir. Cumhuriyet döneminde değişik gereksinmeler için depo olarak kullanılan bina, onarım görmüş ve 1960 yılında müze olarak ziyarete açılmıştır. 14. yüzyıl Osmanlı mimarisinin güzel örneklerinden biridir. Osmanlı mimarisinde “T” planı ilk kez bu yapıda görülmektedir.