Ortaköy ve çevresinde, şimdiye kadar kapsamlı bir tarihi ve arkeolojik araştırma yapılmamıştır.
Aksaray ve çevre illerde yapılan (Acemhöyük, Alişar, Boğazköy) kazılarda elde edilen belgeler de buraların İlk Tunç Çağı’na uzanan tarihini ortaya çıkarmıştır. Ortaköy çevresindeki Kalehöyük, Koçhasan Höyüğü ve Muratlı höyük gibi birden fazla kültür katları bulunan yerleşim merkezlerinde yapılacak arkeolojik kazı ve araştırmalar Hititler dönemi için yeni belgeler verebilecektir.
Hititlerden sonra M.Ö. VII. yy. da Friglerin hakim olduğu bölgede Ortaköy de yer almaktadır. Frig kültüründe görülen “ölü gömme” usullerinden oyulmak suretiyle yapılan Kaya mezarlara, bölgelerin jeolojik yapısı itibariyle rastlanılmamaktadır. Buna karşın Frig soylularının gömüldüğü tümülüslere sıkça tesadüf edilmektedir.
M.Ö.V.yy. da Pers istilası ile birlikte Pers yönetimine giren yöreye, Makedonya Kralı Büyük İskender’in Asya seferi sırasında, Makedonyalılar hakim olmuşlardır. M.Ö. 323’de B.İskender’in ölümü üzerine, Pers soyundan Arırarat tarafından kurulan Kapadokya Krallığı bölgeye hakim olmuştur. Kapadokya Krallığı M.Ö. 17. yy. da Roma İmparatorluğuna katılmıştır.
Aksaray, Kapadokya Kralı Arkhelais tarafından kurulmuştur. Krala izafeten şehir Archelais adını almış, bir müddet Kapadokya Krallığına başşehir olmuştur. Bu dönemlerden kalma küçüklü büyüklü yerleşim merkezlerine ve mermerden yapılan tanrıçalar ile madeni paralara İshaklı, Karapınar, Sarıkaraman, Namlıkışla köyleri arazilerinde sıkça rastlanılmaktadır.
Hıristiyanlığın ilk yıllarında, Kapadokya bölgesinde bu din hızla yayılmıştır. İdareciler ise hıristiyanlığı yasaklamışlardır. Bilhassa İmparator Dıocletianus (284-305) döneminde bu yasak çok daha katılaştırılmıştır. Adeta bir katliama girişilmiştir. Hıristiyan halk bu vahşetten kurtulmak, daha serbest ibadet edebilmek için, yeraltı şehirleri kurmuşlardır. Kapadokya’da görülen bu galerialardan biri de Çatin Köyü ile Ozancık Köyü yakınlarındaki “ERSELE”dir.
Roma İmparatorluğunun 395’de ikiye bölünmesiyle Kapadokya yöresinde Bizans hakimiyeti başlamıştır. Ortaköy ve çevresinde bu dönemden kalan madeni paralar, pişirilmiş toprak kaplar, içme suyu şebekeleri, harçlı mesken kalıntıları, mezarlar ve çeşitli maden işletmeleri vardır. Ozancık (Ersele), Sarıkaraman, Harmandalı, Gökkaya gibi köy ve kasabalarda bu eserlere sıkça rastlanmaktadır.
Ortaköy ve çevresi 7. yy. başlarından itibaren önce Sasani, sonra sık sık Arap istilalarına uğramıştır. Bu istilalara karşı koymak ve korunmak maksadıyla güneydeki stratejik noktalar ve derbentler Bizanslılar tarafından özenle korunmuş, Ereğli (Heraklia), Niğde, Aksaray (Arkhelais) ve Ortaköy’e yakın mesafede geçitler tutulmuş ve yeni kaleler inşa edilmiştir. Ortaköy Ekecik dağları batısındaki Küçük Sınandı Kalesinin bu döneme ait olması muhtemeldir.
1071 Malazgirt Zaferi ile Anadoluya giren Büyük Selçuklu devleti komutanlarından Melik Ahmet Danişmend Gazi, Aksaray ve çevresini fethederek buraları bir Türk yurdu haline getirdi. Konya’nın Anadolu Selçukluların başşehri olmasının (1116) ardından Anadolu Türk Birliğini sağlamaya çalışan II. Kılıçarslan, harabe halindeki Arkhelais kalıntıları üzerine Aksaray’ı kurdu. Azerbaycan’dan getirttiği Türkmen oymaklarının çevre köylere yerleşmeleri sağlandı. Göçebeler geniş alanlarda hayvancılıkla uğraştılar. Bunun neticesi çevredeki mera ve çayırlarda atlar yetiştirilmeye başlandı.
Danişmendliler ve Anadolu Selçukluları döneminde, doğudan Anadoluya gelen Türkmen aşiretleri, hem Bizanslardan kalan meskenlere hem de meralara yeni bir yerleşim merkezi kurdular. Bunlardan biri de Eyüpeli olup, Ortaköy bu köyün kalıntıları üzerine kurulmuştur.
Anadolu Selçuklu Devleti’nin son yıllarında, devletin birliği için çalışan büyük Türk mutasavvıfı Yunus Emre’nin türbesi Sarıkaraman kasabası yakınlarındaki Ziyaret Tepesindedir.
1243 Karadağ bozgunu ile Moğolların Anadoluya yerleşmeleri sonucu Anadolu Selçuklu hükümdarlarının hiç bir fonksiyonları kalmamıştı. Bunun neticesinde meydana gelen devlet otoritesi boşluğu sonucu Ortaköy ve çevresi de Selçuklu Eratna oğulları, Kadı Burhaneddin ve Karamanoğulları arasında el değiştirdi. 1470’de İhsak Paşa’nın Şereflikoçhisar ve Aksaray çevresini Osmanlı hakimiyetine almasıyla birlikte, Ortaköy ve çevresi de Osmanlı yönetimine girdi. 1477’de Aksaray ve çevresinin nüfusu yazılmış, tahrir defterleri tutulmuş, emlak ve vakıfları belirlenmiştir.
Bu dönemde Aksaray, Karaman Eyaletine bağlı bir sancak merkezidir. Aksaray’a, Hasandağı, Bekir, Eyübeli, Sahra, Ova, Eyyup nahiyelerinin yanı sıra Ş.Koçhisar da nahiye olarak bağlanmıştır. Ortaköy halkı, Aksaraylılar gibi II.Beyazıd dönemindeki Cem Sultan isyanında, Sultan Beyazıd tarafını tutmuşlardır. Kurtuluş Savaşı sırasında, vatanın kurtuluşu için her türlü fedakârlıkta bulunmuşlardır.