Günümüzde “Yüksek Kilise” olarak bilinen “ANALİPSİS TEPESİ” ve civarında çok miktarda işlenmiş obsidiyen (volkanik cam) dan işlenmiş taş baltaları ve seramik parçalara rastlanması, bölgede “Kalkolitik Çağı” insanının yaşadığını göstermektedir.
M.Ö. 2000’den itibaren Hititlerin yaşadığını Güzelyurt içerisinde Sivrihisar yolu üzerinde bulunan Kulaklı Tepe’deki kale kalıntısı ve Analipsis Tepesi’ndeki kilisenin üzerinde oturduğu duvarlardan anlıyoruz. Yine Mamasun baraj gölü çevresinde Hitit yazıtları ve kabartmaları vardır.
Güzelyurt’un da içinde bulunduğu bölge M.Ö. VI. yy. da Pers İmparatorluğuna katılmıştır. Bu dönemde zaten var olan Feodal sistem daha da gelişmiş, köle satışı hızlanmış, bir yandan da bölgede Pers ateşgedeleri görülmeye başlanmıştır. Persler, Kapadokya insanını kültürel ve dini açıdan öylesine etkilemiştir ki, Büyük İskender’ in bölgeyi işgalinde, İskendere boyun eğmeyerek Pers soylularından birini kral kabul ettiler. M.Ö. 332 yılında Kapadokya krallığını kurdular. Bu dönemde halk siyasi olaylarda da daima Persleri desteklemişlerdir.
Hititlerin çok tanrılı dinlerinden sonra, bu yıllarda ateşe tapmayı ve Tanrıya inanışı birleştiren “İpsistaryo dini” ortaya çıktı. Bu din, büyük toprak faaliyetleri arasında rağbet gördü. M.Ö. 17. yy. da bölge Roma İmparatorluğu topraklarına katıldı. Fakat kral gücündeki dini liderlerin (rahipler) yönetimi M.S. 2. yy.’ a kadar azalarak da olsa devam etmiştir.
Bu sıralarda köle durumunda bulunan halk arasında St. Paul’un bölgeye getirdiği Hıristiyanlık hızla yayılmaya başladı. Hıristiyanlık ilk yıllarda büyük tepki gördü. İmparatorluk tarafından resmi din olarak kabul edilinceye kadar bu dine inananlar, öncelikle Güzelyurt ve çevresi, Ihlara (Peristrema) Vadisi, Soğanlı gibi yerlerde saklanmışlardır.
Zaman içinde Hıristiyanlık bu bölgede de Pagan dini ve Pers kökenli geleneklerden etkilenerek yeni bir anlayışa dönüştü. Zaten tarihin başlangıcından beri çok değişik kültür ve dinlerin geçişine sahne olan bölgede bu durum kaçınılmazdı.
Güzelyurt’lu Gregorius Teologos ve Kayserili Basilus, birlikte ortaya koydukları fikirlerle zaman içinde ortodoks mezhebinin kurucuları durumuna gelmişler, buna bağlı olarak da ilk manastır hayatı Güzelyurt’ta başlamıştır. İmparator Teodosius tarafından Güzelyurt’ta 385 yılında Gregorius Teologos adına bir de kilise yaptırılmıştır.
Güzelyurt hakkında ilk kesin bilgileri, Gregorius’un toprak ağası olduğunu ve başlangıçta İpsistariyo mezhebine bağlı olduğunu bazı mektuplardan anlıyoruz. Baba Gregorius Hıristiyanlığı kabul ettikten sonra, Nazianzos Piskoposu olmuştur.
Oğul Gregorius, 329 yılında “Arianzos” adı verilen çiftlikte doğmuştur. VIII. ve IX. yy. larda Müslüman Araplar Bizans üzerine yaptıkları akınlar sırasında torosları Kilikya geçidinden aşarak Melendiz ovasına iniyorlardı. Arap yol haritalarında Güzelyurt (Qualuari) Melendiz ovasında bir istasyon olarak gösterilir.
Romanın din üzerindeki baskısı, İkonoklast akım’ın başlamasına sebep olmuştur. Bu dönemde Aziz Gregorios’un ortaya koymuş olduğu dini sistem o kadar kuvvetlidir ki, bölge bu hareketten yara almadan kurtulmuş ve İkonoklast akım’a karşı olan Hıristiyan din adamlarına sığınak olmuştur.
XII. yy. da Anadolu’ya hakim olan Selçuklular, toprağı işlemeyi iyi bilen Rumların göçünü önlemek için bazı imtiyazlar tanıdılar. Böylece Hıristiyan ve Müslüman halk bir arada yaşamaya başladılar. Belisırma’da bulunan St. Georges (Kırk Damaltı) Kilisesi buna iyi bir örnektir. Burada bulunan fresk’de, bölgenin o dönemdeki beylerbeyi olan Basil Güyakupos, Türk kıyafetleri içinde resmedilmiş ve freskin kitabesinde Sultan II. Mesut hakkında“çok yüksek ve çok asil bir sultan” olarak söz edilmektedir.
1470 yılında Osmanlı hâkimiyetine giren Güzelyurt, bir müddet için Eratna ve Karaman beyliklerinin de toprağı olmuş, yine bu sıralarda Moğol akınlarına uğramıştır.
Osmanlı döneminde Güzelyurt’taki hristiyan nüfus Lozan antlaşmasına kadar, daima Selçuklular döneminde buraya yerleştirilen müslüman nüfustan fazla olmuştur. 1815 yılında yapılmış bir nüfus sayımında hıristiyanların oturduğu 300 hane ve 100 den fazla kilise olduğu tespit edilmiştir. Buna karşılık, Müslümanlara ait üç cami vardır. Bu haliyle Güzelyurt, çok eskiden beri gelmekte olan ve kültürel geleneklerini sürdüren bir Rum köyüdür.
XIX. yy. da hıristiyanlar, Selçuklu döneminde daha önce bir takım ayrıcalıklara sahip olmaları ve Osmanlı zamanında kapitülasyonlardan yararlanmaları, ayrıca askere gitmemeleri sebebiyle ekonomik üstünlüğü ellerinde bulunduruyorlardı. Güzelyurt’taki Rumlar’ın büyük çoğunluğu arazinin verimsiz olması sebebiyle büyük şehirlerde iş yapmışlar ve çok zengin olmuşlardır. Bu gelirlerin memlekete aktarılması neticesinde, önemli bir dini merkez olan Güzelyurt bölge ticaretini elinde tutar hale gelmiştir.
1924 mübadelesinden kısa bir süre önce kilise, Osmanlı Devletinden aldığı özel izinle para bastırdı. Kilisenin kontrolü ve garantisi altında 1 kuruş ve 10 para olarak tedavüle çıkan bu paranın üzerinde Aziz Gregorius’un resmi bulunuyor; Rumların yanısıra Türkler de kullanıyorlardı. Mübadele ile Yunanistan’a giden Rumlar, Kavala yakınlarında “Nea Kalvari” adıyla yeni bir köy kurmuşlar ve Güzelyurt’taki kilisenin aynısını oraya inşa ederek, buradan götürdükleri kutsal eşyaların teşhir edildiği bir müze kurmuşlardır. Bugün göç edenler ve hala hayatta kalanlarla onların çocuk ve torunları Güzelyurt’u ziyarete gelmekte ve bir bayram havasıyla karşılanmaktadır. Rumların göç etmesiyle birlikte Yunanistan’dan gelen Türk göçmenler de Rumlardan kalan evlere yerleştirilmiştir.