Doğum tarihi hakkında kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte 1465 ile 1470 yılları arasında, o tarihlerde Türk deniz üssü olarak bilinen küçük bir sahil kasabası Gelibolu’ da doğmuştur. Babası Hacı Mehmet’ tir. Doğan çocuklarına Muhiddin Piri adını verirler.
Piri Reis’ in amcası o dönemin ünlü denizcisi ve daha sonraları Osmanlı Devleti’ nin Akdeniz amirallerinden Kemal Reis’ tir. Türk tarihçi İbni Kemal o tarihlerde Gelibolu’ da doğan çocuklar için şu tanımlamayı yapmıştır: “Gelibolu’ da doğan çocuklar timsah gibi su içinde büyürler. Beşikleri ecel tekneleridir. Sabah ve akşam gemi seslerinin ninnisiyle uyurlar.” Bu benzetmeyle büyüyen geleceğin büyük denizcisi Muhiddin Piri on bir yaşına kadar bu şirin sahil kasabası Gelibolu’ da yaşar. Her Türk çocuğunun o dönem olanaklarıyla yetiştiği gibi aile içinde örf ve adetlere göre eğitim alır ve sonuçta diğer çocuklardan farklı olarak okuma ve yazmayı da öğrenir. Bu süreçten sonra amcası Kemal Reis’ in gemilerinde denizcilik mesleğine ilk adımını atar.
Denizcilik mesleği, öncelikle bedenen ve ruhen sağlam bir yapıya sahip olmanın yanında, kendine özel temel kuralları ve bilgi birikimi olan, disipline dayalı zor ve uzunca bir süreçte edinilen bir uğraştır. 14 yıl aralıksız amcasının gemisinde her türlü mesleki bilgi ve beceriyi kazanmış, o dönem gemicilerinin üstün özelliklerinden korsanlık ile birlikte devlet görevinde de bulunmuştur. Bu yıllara ait bilgileri daha sonra yazdığı “Kitab-ı Bahriye” adlı eserinden öğreniyoruz.
Piri Reis, bu kitabında amcası Kemal Reis ile dolaştığı yerleri ve tarihi olayları özgün anlatımıyla aktarmaktadır. Amcası Kemal Reis’ in denizcilikteki ilk 14 yılı, o dönem gelenekleri gereği korsanlıkla geçer. 1486 yıllarında İspanya’ nın Gırnata’ daki Müslüman halkı, Tunus, Mısır ve Osmanlı Devleti’ nden yardım istemişlerdir. Bu sırada korsanlık hayatı devam eden Kemal Reis, gemileriyle bu Müslümanları Afrika’ ya geçirmiştir. Piri Reis, 1487-1493 yılları arasında altı yıl Kemal Reis’ in yanında yer almış ve bu denizlerde çok çeşitli çalışmalarda bulunmuştur. Batı Akdeniz kıyılarında ve çeşitli adalarda korsanlık yaparak, diğer korsanlara karşı üstünlük sağlamışlar, gemilerine el koymuşlar ve bölgeyi kış aylarında liman yeri olarak kullanmışlardır. Bu süreçte Cezayir, Tunus ve Bona limanlarında kalmışlar, yöre halkıyla dostluklar oluşturmuşlardır. Piri Reis bulundukları yerlerin ve bölgedeki adaların fiziki bilgilerini ve kimlere ait olduğunu da notlarına almıştır. Piri Reis’ in “Kitab-ı Bahriye” eserinden edindiğimiz bilgilere göre Kristof Kolomb’ un Amerika hakkındaki haritasını 1493-1494 yıllarında ele geçirdiğini anlıyoruz.
O yıllarda Osmanlı Devleti’ nin başında Fatih Sultan Mehmet’ in oğlu II. Beyazıt bulunuyordu. Kardeşi Cem Sultan’ ın ölmesi üzerine, yönetimde rakipsiz kalmış, tüm dikkatini fetih ve büyümeye vermiştir. Bu amaçla kara ve deniz gücünü kuvvetlendirmek için korsanlık yapan Türk gemilerini devlet yönetimi altına toplamıştır. Bu amaçla Kemal Reis’ i de gemileri ve leventleriyle (deniz askerleri) davet etti. Kemal Reis yanında Kara Hasan ve Piri Reis olduğu halde kendi gemileriyle oluşturduğu deniz gücüyle 1494 yılında Osmanlı Devleti’ nin hizmetine girerek, bu oluşuma deneyimleriyle güç kattılar.
Piri Reis’ in 1499- 1502 yılları arasında meydana gelen deniz savaşları sırasında ünü duyuldu. Dönemin Kaptan-ı Derya’ sı Davut Paşa filosunun fiilen komutanı Kemal Reis idi. Bu donanmada bir savaş gemisinin komutanı olarak da Piri Reis bulunuyordu. Venedik Cumhuriyeti ile 1500- 1502 tarihlerinde yapılan savaşlarda Piri Reis’ in hizmet ve başarıları dikkat çekiyordu. Kemal Reis, 1511 yılında Piri Reis’ in bulunmadığı ve nedeni bilinmeyen bir deniz faciasında ölmüştür. Bu olaydan sonra Piri Reis en büyük dayanağını kaybetmişti. Ancak amcasının yanında denizciliğin en önemli bilgi ve becerilerini edinen Piri Reis, bu birikimlerinden dolayı döneminin en önemli denizcileri arasına girmişti. Amcasının bu beklenmeyen ve acı ölümü Piri Reis’ i derinden etkilemiş, bir süre sonra da denizciliğe ara vererek Gelibolu’ ya dönmüştür. İşte O’ nun gelecekte denizciliğinin yanı sıra bilimsel yanını da ölümsüzleştirecek ilk eseri “Dünya Haritası” ‘nı hazırlaması buradaki yıllarıdır. Önceki yıllarda tuttuğu notlardan hazırladığı diğer eseri “Kitab-ı Bahriye” ise önemli bir denizcilik kılavuzudur.
Yavuz Sultan Selim’ in Mısır seferini gerçekleştirdiği 1516- 1517 yıllarında Osmanlı donanması Cafer Bey’ in komutasındadır ve Piri Reis’ e de bu donanmada komutanlık görevi verilmiştir. İskenderiye’ yi ele geçiren bu donanmadan ayrılan bir filo ile Nil yolundan Kahire’ ye giden Piri Reis, buranın da haritasını yapmış ve anılan yerler hakkında tarihi ve coğrafi bilgiler vermiştir.
Mısır, Osmanlı topraklarına katılınca 1517’ de İskenderiye’ ye bir filo ile giden Yavuz Sultan Selim ile şahsen tanışma fırsatını bulan Piri Reis, daha önceleri hazırladığı dünya haritasını padişaha hediye etmiştir. Mısır seferinden sonra tekrar Gelibolu’ ya dönen Piri Reis burada bilimsel çalışmalarına devam etmiştir.
1520 tarihinde Yavuz Sultan Selim’ in ölümü ile oğlu Kanuni Sultan Süleyman Osmanlı tahtına geçmiştir. O’ nun padişahlığı, Osmanlı Devleti’ nin büyük fetihler dönemidir. Bu dönemde Rodos’ un fethini gerçekleştiren büyük donamada Piri Reis de görev almıştır. 1524 tarihinde sadrazam Pargalı İbrahim Paşa’ nın Mısır’ a gitmesi sırasında, Piri Reis’ in O’ na eşlik etmesi emrini padişah vermiştir. Fırtınaya yakalanan donanma, yoluna devam edemeyerek Rodos’ a sığınmak zorunda kalmış; bu durum, Piri Reis’ in sadrazam Pargalı İbrahim Paşa tarafından daha yakından tanınmasına neden olmuştur. Piri Reis Bahriye kitabı hakkında sadrazama bilgi verir. Bu kitabın önemini anlamış olan sadrazam, O’ na hazırladığı bu çalışmalarının kitap haline getirilmesini önermiştir. Piri Reis, Gelibolu’ da yeniden çalışmalarını geliştirerek, Pargalı İbrahim Paşa aracılığıyla padişah Kanuni Sultan Süleyman’ a takdim eder.
Bu tarihten sonra Piri Reis’ i yeniden devlet hizmetinde görüyoruz. Hint Beylerbeyliği (Kızıl Deniz, Umman Denizi ve Basra Körfezi Amiralliği) ve daha bir çok önemli denizcilik görevlerinde bulunmuştur.
1552 yılında ikinci kez çıktığı Mısır Seferi, O’ nun sonunu acı bir şekilde getiren gelişmelere neden olmuştur. Bu seferin son durağı Basra’ dır. Piri Reis gemilerinin ihtiyaçlarını gidermesi, onarım ve bakımlarının yapılması ve askerlerin dinlenmesi için donanmayı Basra’ da bırakarak ganimet yüklü gemilerle Mısır’ a gelir. Basra Beylerbeyi Kubat Paşa ile Mısır Beylerbeyi Mehmet Paşa’ nın tutumları nedeniyle; Piri Reis bu davranışından dolayı hapsedilerek Kanuni Sultan Süleyman’ a şikayet edilmiş, sonuçta hizmette kusur ile suçlanarak 80 yaşını aştığı bir dönemde 1554 yılında idam edilmiştir.
Piri Reis, denizcilik alanında zamanının en önemli bilim adamları arasında yer almıştır. Ana dili dışında Rumca, İtalyanca, İspanyolca hatta Portekizce bildiği anlaşılıyor. Dünya haritasını hazırlarken, bu dillerdeki eserlerden yararlandığını kendisi yazmıştır.