Efes Müzesi, Efes ve yakın çevresinde bulunan Miken, Arkaik, Klasik, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı devirlerine ait önemli eserlerin yanı sıra kültürel faaliyetleri ve ziyaretçi kapasitesi ile de Türkiye'nin en önemli müzelerinden biridir.
Efes Müzesi'nin ağırlıklı olarak bir antik kentin eserlerini sergileyen müze olması nedeniyle kronolojik ve tipolojik bir sergileme yerine eserlerin buluntu yerlerine göre sergilenmeleri tercih edilmiştir. Buna göre salonlar Yamaç Evler ve Ev Buluntuları Salonu, Sikke ve Hazine Bölümü, Mezar Buluntuları Salonu, Efes Artemisi Salonu, İmparator Kültleri Salonu olarak düzenlenmiştir. Bu salonların yanı sıra müze iç ve orta bahçelerinde çeşitli mimari ve heykeltraşlık eserleri bahçe dekoru içinde ve uyumlu olarak sergilenmektedir. İki büyük Artemis heykeli, Eros başı, Yunuslu Eros heykelciği, Sokrates başı, Efes Müzesi'nin dünyaca tanınmış ünlü eserlerinden bazılarıdır.
Efes Müzesi koleksiyonlarında halen yaklaşık 50.000 eser bulunmaktadır. Bu sayı her yıl sürdürülen arkeolojik kazılar sonucu ortaya çıkarılan veya çevre halkının bağış yoluyla getirdiği eserler ile artmakta, müze koleksiyonları zenginleşmektedir. Bu eserlerin kısa süre içinde bilim dünyasının ve insanlığın hizmetine sunulması düşüncesiyle Efes Müzesi'nde "Yeni Buluntular Salonu" oluşturulmuştur. Ancak, bu salon her zaman yeterli gelmemekte, diğer salonlardaki sergilemelerin de yeni buluntular ışığında ve çağdaş müzecilik anlayışına uygun olarak yenilenmesi gerekmektedir.
Bu anlayışa uygun olarak Yamaç Evler ve Ev Buluntuları Salonunda yapılan yeni düzenlemede buluntu gruplarını bir arada sergileyerek konu bütünlüğü oluşturulması amaçlanmıştır. Salonda günlük yaşam konusu içinde her çağdaki insan için vazgeçilmez gereksinimler olan tıp ve kozmetik aletleri, takıları, ağırlıklar, aydınlanma araçları, müzik ve eğlence buluntuları ve dokuma araçlarından örnekler; ev kültü ve dekorasyonunda kullanılan heykelcikler, imparator ve tanrı heykelleri, büstleri ve mobilyalar sergilenmektedir. Salonun bir bölümünde Efes Yamaç Evler'den "Sokrates Odası" olarak bilinen bir oda fresk, mozaik ve çeşitli mobilyalardan oluşan dekoru içinde foto-mankenler ile düzenlenmiştir.
Efes Müzesi'nin müze, Efes ve Selçuk içinde yeni düzenlemeler sonucu ziyarete açılan yeni bölümleri;
1- Arasta ve Hamam Bölümü: Müzenin orta bahçesine bitişik, müze ile bütünlük oluşturan bölümde eski Türk kasabalarında ticaret hayatı ve kaybolmaya yüz tutan çeşitli el sanatları canlı olarak sergilenmektedir. Tarıma bağlı yöresel yaşamda önemli yer tutan tahıl öğütme sistemi (değirmenler) gelişimi ve farklı tipleri ile; bakırcılık ve gözboncuğu yapımı; Türk çadırlarının sergilendiği bölüm içinde eski Türk yapısı ve 16. yüzyıla ait Osmanlı hamamı da restore edilerek sergi alanında değerlendirilmiştir.
2- Ayasuluk Kitaplığı: Efes Müzesi'nin arka sokağı içindeki eski bir Türk yapısı (14. yüzyıl) müze tarafından restore edilmiş ve semt halkının günlük gazete veya kitap okuyabileceği küçük bir kitaplık işlevi kazandırılmıştır.
3- Görme Engelliler Müzesi: Efes aşağı Agoradaki antik dükkânlardan biri restorasyonu yapılarak görme engelilerin gezebileceği bir müzeye dönüştürülmüştür. İki bölümden oluşan bu müzede kopya ve orijinal eserler sergilenmektedir.