XVI. Yüzyılda Padişah II. Selim’in Birgili hocası Ataullah Efendi tarafından yaptırılmıştır. Ataullah Efendi bu medreseye zamanın meşhur alimlerinden, yakın dostu İmam-ı Birgivi Mehmet Efendi’yi atamıştır. Birgivi Hazretleri burada hayatının sonuna kadar ders vermiştir.
Asırlar boyu İslami eğitim okulu olarak hizmet veren medrese konum olarak Aydınoğlu Meydanı’nda Ulu Cami’nin hemen karşısındadır.Yapı sekiz metre eninde ve on dokuz metre boyunda olup dikdörtgen planlıdır. Yapımında taş ve tuğla malzemeler kullanılmıştır.
Medresenin Kuzey yönünde bulunan açık revakını üç taraftan yedi adet öğrenci hücresi kuşatır. Bu hücrelerin her birini küçük bir kubbe örter. Bütün odalar genişlik ve şekil olarak birbirine benzer ve içlerinde bir ocak, geniş bir pencere, pencere üzerinde dar bir ışıklık, kitap ve kandil koymak için oyuklar ve ahşap raflar bulunur.
Revakın üzerini üç yüksek kubbe örter. Bu kubbeler sekizgen şeklinde tasarlanmış kasnaklar üzerine oturtulmuştur. Revak kemerlerini ve kubbelerini taşıyan iki mermer sütun devşirmedir. Sütunların taşıdığı sivri kemerler üzerinde tuğla ve beyaz sıva ile yapılmış zikzaklar, menderes motifleri, sepet örgüsüne benzer bir süsleme ve çeşitli bitki motifleri yer alır. Revak girişini örten saçağın alt kısmına yine tuğladan yapılmış dışa doğru çıkıntı yapan üçgen şeklindeki dişler yapıya hoş bir görünüm kazandırır.
Medresenin doğu cephesinde iki sıra halinde toplam on pencere bulunur. Alt sıradaki pencereler dikdörtgen şeklindeyken üst sıradaki pencereler mazgal pencere şeklindedir. Alt sıradaki pencerelerin tuğladan yapılmış sivri birer kemeri vardır.