Yapı Beylerbeyi iskele meydanında, Beylerbeyi Camii'nin güneybatısında yer alır. İki katlı kagir inşa edilen yapı kuzey güney doğrultusunda yaklaşık dikdörtgen bir alana kurulmuştur.
Muvakkithane, Selimiye Camii’nin şerif kuyusu caddesi’ne bakan avlu duvarı üzerinde doğudadır. Muvakkithane, kuzeydoğu uçta eğrisel kenarlı dikdörtgen planlı tonoz örtülü bir yapıdır. Tek hücreli yapının girişi Selimiye Camii avlusunda kuzeydoğudadır.
Camideki ampir üslubu devam ettiren muvakkithanede kapı ve pencere köşelerinde rozetler bulunmaktadır. Muvakkithanenin pahlanmış yüzündeki pencerenin üzerinde bulunan, bugün sadece ampir üsluplu, meşale ve asma dallı çerçevesi kalmış olan saat boşluğu bulunmaktadır.
Yeni Valide Külliyesi'ne ait olan yapı dış avlunun güneydoğu köşesinde türbenin batısına bitişik planlanmıştır.