İstanbul ili Fatih ilçesi, Fatih Sultan Mehmet’in (1444–1446/1451–1481) 1463–1470 yıllarında yaptırmış olduğu külliyesinin bir bölümünü oluşturan medreseleri İstanbul’un fethinin hemen arkasından Ayasofya’daki medresesinden sonra yaptırmıştır.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Kırkçeşme Mahallesi, Atatürk Bulvarı üzerinde, Bozdoğan Kemeri’ne bitişik olan Gazanfer Ağa Medresesi 1596 tarihli vakfiyesinden öğrenildiğine göre Sultan III. Mehmet’in (1595–1603) Kapı Ağalarından, Hasodabaşısı Gazanfer Ağa tarafından yaptırılmıştır. XVI. yüzyılın sonlarında yapılan bu medrese Davut Ağa’nın mimarbaşılığı sırasında yapılmıştır.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Macar Kardeşler Caddesi ile Feyzullah Efendi Sokağı’nın kesiştiği noktada bulunan bu medrese, kitabesinden öğrenildiğine göre; Sultan II. Mustafa’nın (1695–1703) hocası Şeyhülislâm Feyzullah Efendi kitaplık, mektep ve çeşme ile birlikte adeta küçük bir külliye konumunda 1700 yılında yaptırılmıştır. Mimarının kim olduğu bilinmemektedir.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Hatice Sultan Mahallesi’nde Edirnekapı surlarından girişteki Fevzi Paşa Caddesi üzerinde bulunan Mihrimah Sultan Külliyesi, Kanuni Sultan Süleyman (1520–1566) döneminde kızı Mihrimah Sultan tarafından Mimar Sinan’a yaptırılmış olup, cami, sıbyan mektebi, çifte hamam, çarşı ve medreseden meydana gelmiştir. Yapı topluluğunun bir bölümünü oluşturan medrese caminin iç avlusunun güneybatı ve kuzeydoğu kenarında on dokuz hücre ve iki küçük eyvandan meydana gelmiştir.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Darüşşafaka Caddesi ile Yeşil Sarıklı Sokağı’nın kesiştiği noktada bulunan bu medreseyi Rumeli Kazaskeri olan Cedid Abdürrahim Efendi 1747 yılında yaptırmıştır. Medresenin banisi Abdürrahim Efendi 1757 yılında ölmüş ve medresenin yanındaki mezarlığa gömülmüştür. Osmanlı medreselerinde bir külliyeye bağlı olmayan tek medrese tipinde olan bu yapı Barok dönemde yapılmış olmasına rağmen yapı üslubu Klasik dönem özelliklerini taşımaktadır.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Saraçhanebaşı’nda, Mimar Ayas Mahallesi’nde bulunan Amcazade Hüseyin Paşa Medresesi, dershane-mescit, kütüphane, sıbyan mektebi, on altı medrese hücresi, sebil ve sonradan bunlara eklenen bir çeşmeden meydana gelmiş olup, 2580 m2’lik bir alana yayılmıştır. Medreseyi Sultan II. Mustafa (1695–1703) devrinin sadrazamı Köprülüzade ailesinden Amcazade Hüseyin Paşa yaptırmıştır.
İstanbul Fatih ilçesi, Vatan Caddesi ile Oğuz Han Caddesi’nin kesiştiği noktada bulunan bu medrese Kanuni Sultan Süleyman (1520–1566) tarafından, babası Yavuz Sultan Selim (1512–1520) anısına yaptırılmıştır. Medresenin bulunduğu alan çevre düzenlemeleri ve önünde açılan Vatan Caddesi nedeni ile çukurda kalmıştır. Mimar Sinan’ın eserlerinin listesini veren Tezkiretü’l-Ebniye, Tezkiretü’l Bünyan ve Tuhfetü’l Mimarin’e göre Mimar Sinan tarafından yaptırılmıştır.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Haseki’de Haseki Külliyesi’nin yanında yer alan bu medrese, sıbyan mektebi, dergâh, türbe, sebil, çeşme ve dükkânlarla birlikte Veziriazam Bayram Paşa tarafından 1634–1635 yıllarında yaptırılmıştır. Mimarı kesin olmamakla beraber devrin Hassa Başmimarı Kasım Ağa olduğu sanılmaktadır. Medrese XVIII. yüzyıldan bu yana çeşitli onarımlar geçirmiş, bunlardan sıbyan mektebi dışında kalanlar orijinal konumunu koruyarak günümüze gelebilmiştir.
İstanbul Fatih ilçesi, Haseki semtinde, Kanuni Sultan Süleyman’ın eşi Hürrem Sultan’ın Mimar Sinan’a 1538–1551 yıllarında yaptırmış olduğu külliyesi, cami, medrese, imaret, darüşşifa ve sıbyan mektebinden meydana gelmektedir. Medresenin caminin kitabesine dayanılarak 1538–1540 yıllarında yapıldığı sanılmaktadır. Caminin karşısında yer alan medrese, kare avluyu çeviren revakların arkasındaki odalardan meydana gelmiştir.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Çarşamba Semtinde Manyasizâde ve İsmail Ağa caddelerinin kesiştiği noktada bulunan bu medreseyi Sultan I. Mahmut (1730–1754) döneminde Şeyhülislâm Esat Mehmet Efendi yaptırmıştır. Medrese yanındaki cami avlusundan köfeki taşından pencereleri olan bir duvarla ayrılmaktadır. Bu duvarın ortasındaki bir kapıdan Darülhadis’e girilmektedir.
İstanbul ili Fatih ilçesi, Karakümrük’te Hasan Fehmi Paşa Caddesi üzerinde bulunan bu medreseyi Kanuni Sultan Süleyman (1520–1566) dönemi sadrazamlarından Semiz Ali Paşa yaptırmıştır. Medrese ve çevre düzenlemesinde ve Fevzi Paşa Caddesi’nin açılması sırasında medresenin arka cephesi ana cadde üzerine çıkmıştır. Bu nedenle de kuzeydoğuda bulunan asıl giriş kısmı kapatılmıştır.