İznik’in doğusunda, Müze Sokak ile Türbe Sokağı’nın birleştiği köşede yer alan Şeyh Kudbettin Camisi aynı zamanda Nilüfer Hatun İmareti ile yeşil Cami’nin batısındadır. Kudbettin Camisinin kitabesi günümüze gelemediğinden yapım tarihi bilinmemektedir. Bu konuda bazı iddialar bulunmaktadır. Vakıflar Genel Müdürlüğü arşivinde bulunan bir vakfiyeye göre Çandarlı İbrahim Paşa tarafından 1491-1492 tarihlerinde yapıldığı sanılmaktadır. Bir başka görüşe göre cami ve türbe Çandarlı İbrahim Paşa’nın oğlu Halil Paşa tarafından 1453 yılından önce yaptırılmıştır. Şeyh Kudbettin İzniki’nin oğlu Mehmet Muyhiddin’in mezarının bulunduğu türbenin ve caminin 1418 yılından sonra yapıldığı bu konudaki bir başka iddiadır. Şeyh Kudbettin’in türbesinden ötürü de cami bu isimle tanınmıştır.
İznik’in Yunan işgali sırasında cami ile türbe yağmalanmış ve yakılmıştır. Bu nedenle caminin batı ve doğu duvarları kısmen belirgin olmasına rağmen, kuzey ve güney duvarlarının kalıntıları 1993 yılında İstanbul Üniversitesi’nin burada yapmış olduğu kazılar sonunda caminin planı açıklık kazanmıştır. Buna göre 8.50x8.50 m. ölçüsünde kare planlı, üzeri kubbeli bir cami idi. Sonraki yıllarda kubbesi yıkılmış ve üzeri çatı ile örtülmüştür. Bu caminin yapımında Bizans devşirme parçaları kullanılmıştır. Caminin ön kısmında korinth başlıklı ve tuğla örgülü sivri kemerlerle birbirine bağlanan üç sütunlu bir son cemaat yeri bulunuyordu.
Duvarlar kesme taş ve tuğla ile örülmüş, iç kısımlarda moloz taş kullanılmıştır. Günümüze gelebilen, caminin kuzeybatısında bulunan minaresi silindirik gövdeli olup, tek şerefelidir. Minarenin alt kısmındaki yapı taşları arasında XII.-XIII. yüzyıllara tarihlenen İbranice bir kitabe dikkati çekmektedir. Şerefesinin altında iki sıra halinde diş motifleri bulunmaktadır. Minarenin kuzeydoğu köşesinde Şeyh Kudbettin’in türbesi bulunmaktadır.