Muradiye yapı topluluğunun bir bölümünü meydana getiren Muradiye Medresesi caminin batısında bulunmaktadır. XV. yüzyılın başlarında Sultan II. Murad tarafından yaptırılmıştır. Kitabesi günümüze gelememiştir.
Medrese plan olarak Bursa Yıldırım ve İznik Süleyman Paşa medreselerine benzemektedir. Taş ve tuğladan yapılan medreseye sivri kemerli bir kapıdan girilmektedir. Bu girişin sağında ve solunda üçer tane sivri kemer alınlıklı pencere ve yedi sıra stalaktitli bezeme bulunmaktadır. Bu giriş eyvanın sekizgen kasnağa oturan bir kubbe ile üzeri örtülmüştür.
Girişten, 16.80x16.80 m. ölçüsünde ortasında sekiz köşeli havuzun bulunduğu bir iç avluya girilmektedir. Bu avlunun üç tarafı revaklarla çevrilidir. Yan revaklar kubbeli, girişin yanındakiler ise çapraz tonozludur. Buradaki revak ayaklarından giriş eyvanındaki iki ayak Bizans başlıklı ve mermerdendir. Diğer ayaklar tuğladan yapılmıştır. Revakların arkasında 14 oda bulunmaktadır. Odaların her birisinde bir ocak ve bir pencere vardır. Yalnızca köşe odalarında ikişer pencere bulunmaktadır. Girişin karşısına gelen ana eyvan dershanedir. Bu bölüm avludan daha yüksekte olup, birkaç basamakla çıkılmakta olup, üzeri sekizgen kasnağın taşıdığı bir kubbe ile örtülüdür. Dershanenin duvarları 2.60 m. yüksekliğinde, altı köşe firuze ve lacivert çinilerle kaplanmıştır. Dershane sivri kemerli bir kapı ile avluya açılmaktadır.
Muradiye Medresesi 1603 ve 1950 yıllarında onarılmış, günümüzde Verem savaş Derneği tarafından Dispanser olarak kullanılmaktadır.