İskender Paşa Camisi Eski Ahlat Kalesi içerisinde bulunmaktadır. Kitabesinden öğrenildiğine göre İskender Paşa tarafından 1584 yılında yaptırılmıştır.Mimar Sinan eseri olduğu da ileri sürülmüştür.
İskender Paşa Camisi 20.75 X 16.27 m. ölçüsünde dikdörtgen bir plan göstermektedir. Caminin asıl ibadet yeri 13.05 X 12.83 m. ölçüsünde olup bu bölümün üzeri kubbe ile örtülmüştür. Günümüze harap bir halde gelen caminin son cemaat yeri iki sütun ve beden duvarlarının uzantılarından oluşmakta olup bunların üzerleri küçük kubbelerle örtülüdür. Giriş kapısı sivri kemerli büyük bir niş şeklinde olup taş silmelerle bezenmiştir. Kapının üzerinde kare bir çerçeve içerisine alınmış yapım kitabesi bulunmaktadır.
Caminin beden duvarları kırmız beyaz renkli taşların alternatif düzende sıralanmasından meydana gelmiştir. Üst örtü yıkıldığından bu konuda sağlıklı bir bilgi verebilmek çok zordur.Bununla beraber üst örtünün tromplu bir kubbe ile örtülü olduğu sanılmaktadır. Caminin doğu,batı cephelerinde üçer,kuzey ve güney cephesinde ikişer penceresi bulunmaktadır. Ayrıca giriş kapısı ile mihrap üzerinde de sivri kemerli birer pencere yer almaktadır. Bu pencereler mermer söveli,sivri kemerli ve alınlıklıdır.
İbadet mekanın süslemeli olup olmadığı kesinlik kazanamamakla beraber oldukça sade bir kale camisi olduğu sanılmaktadır.Mihrap beş köşeli olup iki köşesine iki ince sütun yerleştirilmiştir.
Caminin kuzey batı köşesine 3.18 x 3.18 m. ölçüsünde kare kaideli minare eklenmiştir.Minare gövdesi yuvarlak olup örgü motifli bir kuşakla hareketli bir görünüm sağlanmıştır. Şerefe altı mukarnaslarla süslenmiştir. Şerefe üzerindeki petek daha inci olup burası da mukarnaslarla bezenmiştir.