Sultan II. Bayezid'in Kapı Ağası Hüseyin Ağa tarafından 1488 yılında yaptırılmıştır. Ön Asya ve Selçuklu mezar anıtlarında görülen sekizgen plan şeması fonksiyon itibariyle ilk defa bu medresede tatbik edilmiştir. Her kenarda üçer adet yer alan ve tonozlu revakların gerisinde bulunan kubbeli odaların güney kenarında daha büyük ve yüksek bir kümbet ve örtülü mekâna yarım kubbelerin bağlanması ile meydana gelen "L" planlı bir dershane yapının esasını teşkil eder.
Gümüşhacıköy ilçesi, Gümüş beldesi merkezinde bulunan eser, Çelebi Sultan Mehmet'in Beylerbeyi Halil Paşa tarafından 1413'te yaptırılmıştır. Kare planlı, kapalı avlulu bir medresedir.