Çarşamba'nın ne zaman kurulmuş olduğuna dair kesin bilgiler yoktur. Ancak Yeşilırmak ovası merkezinde kurulu olan ilçenin M.Ö. 4000'lerden bu güne bir yerleşme merkezi olduğuna dair görüşler vardır.
Çarşamba M.Ö. 4000'lerden itibaren Hitit, Frig ve Pers egemenlikleri altında yaşamıştır. M.S. 63'de Roma İmparatorluğuna bağlanmış daha sonra da Bizans topraklarına katılmıştır. Bu durum 1200 yıllarına kadar sürmüştür.
Beylikler döneminde Canik Beylerinden Tacettinoğulllarının idaresindeydi. 1428'de Osmanlı topraklarına katılan Çarşamba; Yörgüç Paşa, Hacı Ali Paşa ve Hazinedaroğulları tarafından idare edilmiştir.
Çarşamba ilçesi Yeşilırmak'ın doğu yakasında Çay mahallesi, batı yakasında Sarıcalı mahallesi olmak üzere bu alanın çevresinde gelişmeye başlamıştır.
Çarşamba'nın bütün ovada merkez rolünü üstlenmesinde, ilki 1370 yılında kurulmuş olan panayırın etkisi büyüktür. Bu panayır Çarşamba günleri kurulmuş olan panayırın etkisi büyüktür. Bu panayırın Çarşamba günleri kurulduğundan ilçenin adı da buradan gelmiştir.
Osmanlı İmparatorluğu zamanında da idari teşkilatta önemli bir ilçe olarak yerini almış olan Çarşamba'da Cumhuriyetten sonra 1925'de Belediye teşkilatı kurulmuştur.