Türkiye'nin güneybatı ucunda yeralan kuzeyinde Aydın, kuzeydoğusunda Denizli ve Burdur, doğusunda Antalya ile komşu, güneyinde Akdeniz ve batısında ise Ege Denizi ile çevrilidir.
Toplam uzunluğu 1100 km'yi biraz aşan deniz kıyıları ile Muğla ülkemizin en uzun sahil şeridine sahip ilidir. En büyük ve il olmaya aday Fethiye ilçesidir. Muğla ilinde ayrıca iki büyük göl bulunmaktadır. Bunlar Milas ile Aydın ilinin Söke ilçesi sınırları dahiline yayılan Bafa Gölü ile Köyceğiz ilçesindeki Köyceğiz Gölü'dür. Önemli üç akarsuyu ise Çine Çayı (Yatağan'dan geçerken Yatağan Çayı), Esen Çayı (Seki beldesinden geçerken Seki Çayı) ve Ortaca-Dalaman arasında yer alan ve bu iki ilçe arasında sınır olarak kabul edilen Dalaman Çayı'dır.