İlçe yakınlarında ve bağlı köylerde mevcut mağaralar ve kalıntılardan, bu yöre yerleşiminin M.Ö.4000-1200 yıllarında Etiler’e kadar dayandığı anlaşılmaktadır. Bu yöre İran, Asur, Kapadokya ve Roma Kültürlerini yaşamış, Anadolu Selçuklu Devleti ile Türkleşmiştir.
Bölgedeki tarihi eserler Selçuklular zamanından kalmıştır. Bu eserler Merkez ve Büyük Bürüngüz Köyündeki camilerle, Sultanhanı ve Karadayı Köylerindeki kervansaraylardır. Bölge 1515 tarihinde Yavuz Sultan Selim tarafından Osmanlı Devleti topraklarına katılmıştır.
Önceleri “Sarımsaklı Karyesi” adını taşıyan ilçe, 1895 yılında Pınarbaşı ilçesinden ayrılarak “Bünyan-ı Hamit” adıyla ilçe olmuştur. “Bünyan” Arapça’da “yapı” anlamına gelmekte olup, “Bünyan-ı Hamit” de “Hamid’in Yapısı” anlamındadır.
1908 yılında Meşrutiyetin ilanı ile Abdülhamit tahtan indirilince ilçenin isminden “Hamit” kelimesi kaldırılmış, isim Bünyan olarak kalmıştır. Bünyan ilçe olmadan Sivas ilinin Pınarbaşı (Aziziye) ilçesine bağlı iken, 1908 yılında müstakil ilçe olmuştur. 1912 yılında Sivas ilinden ayrılarak Kayseri iline bağlanmıştır.