Tarihi kaynaklara göre Pendik M.Ö. 5000'lerden beri yerleşim alanı. İstanbul Boğazı ile Sakarya nehri arasındaki bölgenin jeopolitik ve jeostratejik özelliği sebebiyle çok sık el değiştirmesi dolayısıyla, bu bölgede bulunan Pendik de çok farklı milletler tarafından ele geçirildi. MÖ. 1200'lerde bu bölgede Makedonyalılar'ın olduğu, MÖ. 8. Yüzyılda Roma Imparatorlugu'nun, daha sonra da Bizanslıların egemenligi ele geçirdigi biliniyor. Bizans döneminde Pantikion ya da Pentikion adıyla anılan yer bugünkü Pendik civarıydı. Bilinen en eski adı Pantikapion ve Pantikapeum. Bizans döneminde kullanılan Pantecion (Pantiki) ismi "her tarafı surlarla çevrili" anlamına gelir. Bazı kaynaklara göre Pendik "be§ burun" anlamını taşır. Ural dağlarından gelip bu bölgeye yerleşenlerin Farsça beş köy anlamında "Pench-deh" ismini kullandığı söylenir. Bu isim zamanla Pendik halini almış ve yaklaşık olarak 700 yıldır kullanılmaktadır.
Pendik çok eski bir yerleşim yeridir. Tarihi M. Ö. 5000 yılına kadar uzanır. Doğal liman özelliği gösteren bir koyun kıyısına yakın bir mesafede kurulmuştur. Marmara Denizi'ndeki düzey düşüklüğü ve aşırı tuzlanma nedeniyle bin yıl kadar önce terk edildiği ve Marmara'nın durumu normale dönünce, elverişli konumu nedeniyle yeniden iskana sahne olduğu sanılmaktadır. Tarih boyunca en önemli özelliği ise Avrupa'dan Asya'ya gidecek yolcuların ilk konaklama yeri olmasıdır.
Pendik 1328 yılında Orhan Bey döneminde Samandıra ve Aydos kalelerinin alınması sonucu Osmanlı yönetimine geçti. Daha sonra bir kaç kez Istanubul'un Anadolu yakası Bizans yönetimine geçmiş olsa da, Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'u fethiyle birlikte Pendik de Osmanlı'nın hakimiyetine bir daha el değiştirmemek üzere girdi. Pendik'te yapılan kazılarda lonik stilde bir kolon, çok sayıda mezar ve Roma döneminde yapılmış hisar temelleri bulundu.
1924 yılındaki mübadeleye kadar nüfusunun önemli bir kısmını Rumlar’ın oluşturduğu Pendik, 1960’larda başlayan sanayileşme sürecine kadar küçük bir balıkçı köyü görünümünde kalmıştır. Pendik’te Fransız Katolik Kilisesi, Kubbeli Sarnıç, Silindirik Sarnıç, Sultan Konağı, Rum Yetimhanesi ve Aydos Kalesi kulesi gibi önemli tarihi eserlerin yanı sıra bir de höyük bulunmaktadır.