İlçede hangi tarihte yerleşime geçildiği ve hangi toplulukların yaşadığı kesin olarak bilinmemekle birlikte İlçe , Urartu Uygarlığının ilk yerleşim yerlerinden biri olarak kabul edilmektedir. Abbasiler bu küçük yerleşim yerini ‘Mir’ denilen dini , siyasi , askeri şeflikle yönetmişlerdir. Selçuklular döneminde Çukurca , İmadiye Beyliğine bağlanmıştır. Selçuklular’dan sonra Osmanlı Döneminde Hakkari Beyliğine tabi olmuştur. 1880 yılında Şarki-çal adı ile kaza teşkilatı kurularak Van Sancağına , 1890 yılında ise ; tekrar nahiyeye dönüştürülerek Hakkari İl Beyliğine bağlanmıştır. 1.Dünya Savaşında Ruslar ve Nasturiler Çukurca’yı yakıp yıkmışlar. Musul sorunu ile önem kazanan Çukurca , 1926 yılında Ankara Antlaşması ile T.C sınırları içerisine alınmış , 1953 yılında ise ilçe yapılmıştır.
Çok eski bir yerleşim merkezi olan İlçemizin bilinen son sakinleri Nasturilerdir. Mezopotamya uygarlığının izlerini taşımaktadır. 1.Dünya Savaşı Döneminde Rusların kışkırtmasıyla ayaklanan Nasturiler Ordumuz ve Milislerin ayaklamayı bastırmasından sonra ülkeyi terk etmişlerdir.
Çukurca 1926 Ankara Antlaşmasıyla Türkiye Toprakları içine alınmıştır. Daha önce bucak merkezi iken 1953 yılında 6068 sayılı kanun ile ilçe yapılmıştır.