Uzundere ilçesinin 3000 yıllık bir tarihi geçmişi olup, Uzundere İlçesi tarih içerisinde; Etiler, İskitler, Sakalar, Persler, Çoruh, Bulgarları, Doğu Romalılar, Suvarlar, Abbasiler, Sasaniler,
Ardahan - Artvin Bağratlı Devleti Vaspurakan Krallığı, Selçuklular, Ata Beyler, Moğollar, Karakoyunlular, Akkoyunlullar, Osmanlı Devleti gibi millet ve devletlerin hakimiyeti altında kalmıştır, Kanuni Sultan Süleyman döneminde. Osmanlı Devleti hakimiyeti altına girmiştir.
1883 tarihli Erzurum vilayet salnamesinde Uzundere nahiyesinin nahiye müdürü Şerif Ağa'dır.
1.Dünya Savaşı'nda Rus işgali altına düşen ilçemiz halkı 1916 yılında Rusların ve onların silahlandırdıkları Ermeni Taşnak çeteleri zulmünden korunmak için Anadolu'nun batısına doğru Sivas, Malatya, Çorum, Tokat gibi illere göç etmişlerdir. Bu olaya tarihimizde muhacirlik denmektedir. İşgaller üzerine Uzundere halkıda boş durmuyor. Dikyar'lı Hafız Mustafa Efendi yardım kampanyası açarak askerimize günlerce merkep sırtında erzak taşıyor. Yerli milisler vasıtası ile Ermeni çeteleri uzaklaştırılmaya çalışılıyor. Dikyar'lı Derviş Bey ve arkadaşları vasıtası ile düşman bölgemize sokulmamaya çalışıyor.
Erzurum istikametinden gelen askerlerimiz sayesinde Uzundere ilçesi 16 Mart 1918 tarihinde Ruslardan ve Ermeni çetelerinin işgalinden kurtarılıyor.
Eskiden Tortum ilçesine bağlı bucak merkezi olan Uzundere (Azort) 1987 yılındaki idari taksimatla ilçe olmuştur.