1176 Miryakefalon Savaşı'ndan sonra Süleyman Şah'ın uç beylerinden Yahya ve Bekir Beyler tarafından Türk egemenliğine katılmıştır. Bundan dolayı ilçenin bir mahallesi Yahyalar adını almış, Bekir Bey'in adı da ilçeye verilerek, Bekirli denilmiş ve daha sonra ilçenin adı halk arasında Bekilli olarak söylene gelmiştir. Bekilli, Osmanlılar döneminden önce Ayonkarahisar Sancağı'na bağlı bir köy iken daha sonrada İzmir ve Denizli iline bağlanmıştır. 1910 yılında da bucak olarak Denizli ili Çal ilçesine bağlı kalmış, 1987'de çıkarılan 3392 sayılı kanun ile ilçe olmuş ve 09.08.1988 tarihinde teşkilatlanmasını tamamlamıştır. Kurtuluş savaşı yıllarında, İzmir'in işgalinden iki ay sonra, Bekilli de işgal edilmiş ve toplam 18 aylık bir işgalden sonra, 30 Ağustos 1922 günü bağımsızlığına kavuşmuştur.