İlçede yerleşim 1386 yılında Oğuz Türkleri'nden bir yörük aşiretinin, şimdiki Babadağ'ın 3 km. kuzeydoğusundaki Oğuzlar köyüne yerleşmesiyle başlar ve daha sonra ilçenin 4 km. doğusundaki Yeniköy'e ve günümüzdeki yerine yerleşim gerçekleşir. İlçenin ilk adı Beşikkaya, zamanla Kadıköy'e dönüşmüştür. Posta işlemlerinde İstanbul Kadıköy ile isim benzerliği sorunları yüzünden 1935 yılında nahiye müdürünün teklifi ve belediye meclisinin kararıyla, eteğine kurulduğu Babadağ'ın ismini almıştır. 1. Dünya Savaşı sonrasında düşman işgaline uğramayan ilçe, Sivas Kongresine üye göndermiş, Kurtuluş Savaşında milis kuvvetlerine asker ve malzeme yardımında bulunmuştur. Taş döşeli dar sokakları, tarihi pitorest yamaç evleri ve konakları ile Babadağ 1879'da büyük bir yangın geçirmiş, bugünkü birçok ev o yangından sonra yapılmıştır. 1932 yangınında Gazi ve Fevzi Paşa mahalleleri, 1944 yangınında ise Gündoğdu Mahallesi neredeyse tümüyle yanmıştır. 1877 yılında belediye olan Babadağ, Sarayköy'e bağlı bir nahiyeyken 1988 yılında kendisine bağlı 10 köy ile ilçe statüsünü almıştır. Altındere köyünün merkeze bağlanmasıyla köy sayısı dokuz olmuştur.
Göçebe şeklinde Babadağ'a yerleşen yörükler, çobanlıkla ve koyun yünleriyle başlayan dokumacılığı, yıllar sonra sanayinin ve ulaşımın gelişmesiyle pamuklu dokumaya dönüşmüştür. Her evde ağaç tezgahlarda dokunan ham bez sayesinde ekonomi canlanmıştır. 1940'lı-1950'li yıllar, Babadağ'ın en hareketli ve en bereketli yılları olarak bilinir. Çünkü o yıllarda Türkiye'de, sadece birkaç devlet fabrikası hambez üretirken Babadağ'da kurulan Salı pazarları bu ihtiyacı büyük oranda karşılıyordu. Babadağ esnafı yurdun her tarafından gelen tüccarlara hizmet ettiğinden, Babadağ'da kültür, diğer ilçelere göre daha iyi durumdaydı.