İlçe toprakları eski devirlerden bu yana yerleşim yeri olduğu Hitit ve Roma dönemlerine ait kalıntıların bulunmasından anlaşılmaktadır.
Ortaasya’dan buraya gelen Türkler kabile halinde, Pınarköy ve Asraköy mevkiileriyle Ortaköy’e yerleşmişlerdir. Daha sonra Asraköy ile Pınarköy, Ortaköy ile birleşerek şimdiki Ortaköy meydana gelmiştir. 1959 yılında ilçe olmuştur.
İl merkezinin güneydoğusunda , Mecitözü ilçesinin güneyinde yer alır.İl merkezine uzaklığı 53 km’dir. Ortaköy ilçesinde Hititlerin önemli ticaret merkezlerinden olan Şapinuva'da kazı çalışmaları devam etmektedir. Ayrıca; İlçeye bağlı İncesu köyündeki İncesu kanyonu ve Aşdavul kasabasındaki Damlataş mağarası görülmeye değer yerlerdendir. İncesu köyüne yakın Çekerek ırmağı kıyısında , İncesu Kanyonunun içerisinde kayalara oyulmuş Kybela Kaya Kabartması önemli tarihi yapılardandır.