Eski bir yerleşim merkezi olan Koçarlı; M.Ö. 1200 yıllarında, önce Yunanistan’dan gelen Dorlar’ın yönetimi altına girdi. Daha sonra Karialılar kenti ele geçirdiler ve Akmescit köyünün kuzeyindeki yörede Amyzon kentini kurdular.1200’lü yıllarda Selçuklular ve Menteşeoğulları bölgeye hakim oldu. 1390 yılında Osmanlı Devleti’ne bağlandı.1520’de Kanuni Sultan Süleyman tarafından Cihanoğullarına verildi ve bir fermanla 1715 yılında Koçarlı aşireti bölgeye yerleştirildi.Önceleri köy iken 1837’de bugünkü yerine taşınarak “Ayan”, 1946’da ilçe merkezi olarak belediye teşkilatı kuruldu.