Yoncatepe, M. Ö.2. binin ortalarından beri kurak bir iklimin sürdüğü Van bölgesinde Varak ve Erek dağlarındaki zengin su kaynakları ve otlaklara giden yolları denetleyen stratejik bir noktada kurulmuştur. Kalenin yaklaşık 800 m. kuzeyinde yer alan ve Harabe Barajı olarak adlandırılan sulama tesisi Doğu Anadolu’daki barajların en eski örneklerinden biridir.
Yoncatepe’nin Erken Demir Çağı’ndaki önemini Urartu Krallığı döneminde de koruduğunu, 1 km. kuzeydoğudaki Bakraçlı köyü içinde bulunan Yedikilise’nin (Varak Kilisesi) duvarlarında devşirme malzeme olarak kullanılan Menua’ya ait çok sayıdaki çivi yazılı kitabesi doğrulamaktadır.
Yoncatepe’de akropol, sivil yerleşme ve nekropol alanlarında kazılar yapılmıştır.
Akropol: Alanın tümüne yayılan bir mimari yapı kompleksinin izleri görülmüştür. Oda duvarlarının iç kısmında kilden yapılmış 3 mm. kalınlığında sıva tabakalarına rastlanmıştır. Bu sıva tabakalarının bazı bölümlerinde beyaz badana kalıntıları saptanmıştır. Mekânların büyük bölümünde şiddetli bir yangının izleri görülmektedir.
Nekropolün yayılım alanını belirlemek amacıyla yapılan sondajlar sırasında, kalenin hemen kuzey eteklerinde ve nekropol alanının hemen doğusunda, sivil yerleşme olabilecek bir mimari kompleks ortaya çıkarılmıştır.
Yoncatepe nekropolündeki araştırmalarda çok sayıda mezar açığa çıkarılmıştır. Mezarlarda çok sayıda iskelet, mezar hediyesi, ölü yemeği olarak konulmuş küçükbaş ve büyükbaş hayvanlara ait kemikler, arpa, buğday, yulaf gibi tahıl taneleri ve üzüm çekirdekleri, çok sayıda köpek iskeleti bulunmuştur.
Yoncatepe mezarlarında çanak çömleklerle birlikte ölü hediyesi olarak mezara çok sayıda demirden süs eşyası ile törensel silahlar konulmuştur. Kama, hançer, küçük bıçaklar en çok rastlanılanlardır. Demirin aksine tunç mezar hediyeleri azdır. Nadir olarak da altın takılara rastlanmıştır. Ayrıca gümüş, kurşun, kalay, antimon, tunçtan yapılmış takı ve ziynet eşyalarının yanı sıra çok sayıda akik, kornalin, cam, firitten yapılmış boncuk da ortaya çıkarılmıştır.
Nekropolden çıkarılan çanak çömleklerin çoğu teknik, biçim ve bezeme bakımından Erken Demir Çağı için karakteristiktir.