Van ilinin 35 km. kuzeydoğusunda, Van Merkez ilçeye bağlı eski Karagündüz köyündeki su yükselmeleri nedeniyle 1890 rakımlı Erçek Gölü’nün kuzeydoğu kıyılarında bir ada durumunu almıştır.
Karagündüz nekropol alanı kuzeyden güneye doğru hafifçe meyilli alüviyal bir düzlükte yer almaktadır. Burada yapılan kazı çalışmalarında ele geçen mezarlardan bir kısmı oda mezardır. Dikdörtgen planlı olan mezar odalarının tavanları çökmüştür. Odalara mezarın boyutlarına göre 20’den 80’e kadar değişen sayıda insan gömülmüştür. Yeni ceset konulacağı zaman eskiler geriye doğru toplanarak odada yer açılmıştır. Bu özelliği diğer Urartu mezarlarından da tanımaktayız.
Mezarlarda ele geçen çok sayıdaki çanak çömlek biçim ve bezeme anlayışı bakımından iki büyük gruba ayrılırlar. Mezar hediyeleri arasında demirden süs eşyaları ve silahlar, çok sayıda boncuk bulunmaktadır. Ayrıca oğlak-kuzu türü hayvanlara ait omurga parçalarına rastlanmıştır.
Karagündüz Höyüğü’nde yapılan kazılarda ise Ortaçağ’dan Erken Transkafkasya dönemine kadar uzanan 7 yapı katının varlığı görülmüştür. En üst iki tabaka Ortaçağ’a aittir ve 1. yapı katı sırasında tepenin üzeri mezarlık olarak kullanılmıştır.2. yapı katının altında uzunca bir boşluğu izleyerek sırasıyla Geç Demir çağı (ki bu 3. yapı katı Karagündüz’ün en ilginç dönemlerinden biridir) gelir.4. yapı katı ise birkaç evrelidir. Bunların en ilginci Urartu Krallığı dönemine ait olan 4. yapı katıdır. Urartu tabakasının altında Erken Demir Çağı yani 5. yapı katı (bu tabaka nekropolle çağdaştır), arkasından 6. yapı katı (Orta-Son Tunç Çağı), 7. yapı katı ise erken Transkafksasya dönemine aittir ve höyüğün en kalın tabakasıdır.