Cizre Beyliği döneminde II. Han Şeref Bey tarafından XIV. Yüzyılda yaptırılmıştır. Cizre Akkoyunluların eline 1475 yılında geçerken Cizre Emirleri sürgün edilmiştir. Emir Bedrettin oğlu II. Şeref (Hanşeref) Boti Aşireti ve çevre halkının yardımı ile1508 yılında Cizre’yi alırken duada bulunmuş. ” Yarabbi ben tekrar Cizre yi alabilsem sana bir Camii inşa edeceğim” demişti. Allah da bu duasını kabul buyurduğundan Kırmızı Medrese’yi inşa ettirmiştir. Cizre Suru’nu bu yerden yardığından surun üzerine bina etmiştir.
Cizre de Dağkapı Mahallesinin Şah Mahallesi ile kesiştiği noktada sur üzerindedir. Güneyinde Mescit ile altında Şeyh Ahmed El-Cezeri adlı meşhur müfessir, yazar, şairin türbesi İle, Cizre emirlerine ait aile mezarlığı da vardır. Medresenin içi avlulu olup, doğusunda batısında ve kuzeyinde dershaneler, yemekhane ve öğretmen lojmanları bulunur. Bunların bir kısmı halen yıkık olup, restorasyona ihtiyacı vardır.
Mihrabı beyaz taştan olup, 2.82x3.78 ölçülerindedir. Mihrab köşegeni 55 derecedir. Mihrabın çevresini iç bükey üçgenler sıralı bir dizi ters U şeklinde sararak, altlarda da, içe doğru döner. Mihrap boşluğu yarım daire planlıdır. Mihrabın üstü basık ve tuğla kubbe ile örtülüdür.
Medresenin güneybatısında kare planlı bir oda bulunur ki çok güzel motiflerle süslenmiştir. Bu oda Profesör ve başmüderris odasıdır. Şair ve yazar Şeyh Ahmet El-Cezeri kullandığı gibi, Mütfü Molla Zade’nin dedelerinden Şeyh İbrahim Sori de bu odada görev yaptığından burada gömülmüşlerdir.
Medrese Cizre ye özgü kırmızı tuğlalardan örüldüğü için Kırmızı Medrese denilir. Cizreli dilbilimci ve yazar Kamuran Ali Bedirhan medresenin 2 bin metrekare olduğunu yazar