Yeri kesin olarak tespit edilemeyen Sin Mabedi'nin, höyükte, iç kalede ya da Ulu Camii'nin yerinde olduğu konusunda değişik fikirler ileri sürülmektedir. Bunlardan İbn-i Şeddad, bu mabedin Ulu Cami'nin yerinde olduğunu, Harran'ın 640 yılında İyâd b. Ğanem tarafından fethedilmesiyle bu mabedin camiye dönüştürüldüğünü, Paganistlere kendi mabedlerini yapmaları için başka bir yer verildiğini söylemektedir.