1177 yılında Kutubeddin İlgazi’nin annesi tarafından Sıtraziye Camii ile aynı tarihte inşa ettirilen Hatuniye Medresesi, iki eyvanlı ve revaklı avlulu, iki katlı bir yapıdır. Ana eyvanın yanında, içi rölyef bezemeli tromplu kubbesi ile türbe yer alır.
Cami içinde Hz. Muhammed’e ait olduğu kabul edilen ayak izi mevcuttur. Lahitler bu yöredeki Artuklu eserlerinin en önemlilerinden biri olan bu medreseyi ayrıcalıklı bir konuma sokar.