Muradiye Medresesi, klasik Osmanlı medrese plan ve şekline bağlı kalınarak yapılmıştır. Giriş kapısı batı cephesinde olup revakların gerisinde kuzey, güney ve batı yönlerinde odalar yer almaktadır. Kubbe ile örtülü olan bu odaların içinde ocak ve dolap nişleri bulunmaktadır.
Medrese günümüzde müze olarak kullanılmaktadır.
Medrese ile cami arasındaki avluda yer alan kütüphane 1812 yılında Karaosmanoğulları’ndan Hüseyin Ağa tarafından yaptırılmıştır. Günümüzde Mimar Sinan Çocuk Kütüphanesi hizmet binası olarak kullanılmaktadır.