Akşehir’de müzecilik, 1946 yılında Maarif Memurluğunca eski eserlerin derlenip korunmaları amacıyla, bir memurun görevlendirilmesiyle başlar. Derlenen eserler o zaman kullanılmayan İmaret Camii'nde korunuyordu. 1950 yılında caminin ibadete açılması üzerine, eserler Taş Medrese'ye nakledilir. 1960 yılında depo durumundaki müzeye müze memurunun atanmasıyla resmen müzecilik başlar. Yapılan restorasyon ve düzenlemelerden sonra 8 Haziran 1965 günü müze ziyarete açılır.
Taş Medrese, mescit, türbe, hangah, imaret ve çeşmeden oluşan bir külliye şeklinde inşa edilmiştir. Medrese, Anadolu Selçuklu sultanlarından II. Keyhüsrev’in oğlu II. Keykubat zamanında Başvezir Emirdad Sahipata Hüseyin oğlu Fahreddin Ali tarafından 1250 yılında yaptırılmıştır.
Külliyeden günümüze sadece mescit ve bir arada bulunan türbe ile medrese gelebilmiştir. Medrese plan olarak açık avlulu ve dört eyvanlıdır. Taç kapısı ile baş eyvan güney-kuzey yönünde, iki eyvan ise dikey olarak yapılmış ve değişik tarihlerde yapılan onarımlar sırasında güneydeki eyvan, oda haline getirilmiştir. Orta avlunun her iki yanında devşirme malzemeyle yapılmış revaklar yer almaktadır. Taç kapının sağ tarafında bulunan beş oda bulunmaktadır. Türb,e giriş kapısının solundadır. Kare planlı olan türbenin altında kriptası mevcuttur. Kubbe eteğinde, pek azı günümüze gelebilmiş, kufi yazı benzeri geçmeli geometrik örneklerden meydana gelen, çini mozaik tekniğinde süsleme kuşağı vardır. Aynı şekilde kubbenin ortasında da çini bulunmaktadır.
Müzede Neolitik Dönemden, XIX. yüzyılın sonuna kadar, insanın doğumundan ölümüne kadar gereksinim duyduğu birçok eserler bulunmaktadır. Bu eserler arasında en zengin koleksiyonumuz, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait mezar taşlandır. Selçuklu Dönemi figürlü mezar taşları müzede önemli bir yer tutarlar. Bu eserler Akşehir ve çevresinden derlenmiştir. Müzedeki bu mezar taşları, hattat kitabeleri ile de dikkat çeker.