Külliyenin avlu revakları arkasında medrese hücreleri ile dershanesi yer almaktadır. Caminin önündeki avlunun üç tarafı kubbeli revaklar ve bunların arkasında kubbeli taş medrese odaları ile çevrilmiştir. Bu odalar 3.75x3.75 m. ölçüsünde kare planlıdır. İçlerinde ocaklar ve yan duvarlarında da ikişer hücre bulunmaktadır. Dershane ise, yaklaşık bu odaların dördünü birden kapsayacak büyüklüktedir. Dershane batı tarafındaki girişin arkasında medrese hücrelerinin de sonunda bulunmaktadır.
Bu yapı topluluğunda cami ve medrese odaları aynı avlu etrafında birleştirilmiş ve böylece bir bütünlük sağlanmıştır. Ancak son cemaat yeri ile medrese odaları birleştirilmemiş ve ayrı bırakılmıştır. Bu özellik Mimar Sinan’ın diğer yapısı olan İstanbul Kadırga Sokulu Külliyesi’nde de görülmektedir.