Fatih Sultan Mehmet tarafından 1462-1470 tarihleri arasında Mimar Sinan-ı Atik’e yaptırılan Fatih Külliyesi, cami, medreseler, darüşşifa, tabhane, imaret, kervansaray, sübyan mektebi, kitaplık, hamam, Saraçlar Çarşısı, Deve Hanı ve türbelerden oluşmaktadır. Caminin bulunduğu yerde Bizans dönemine ait 12 Havari Kilisesi (Haghios Apostoloi Kilisesi) bulunmaktaydı.1765 yılındaki büyük depremde, kubbesi çökmüş olan cami, Sultan III. Mustafa tarafından 1767-1771 yılları arasında Mimar Tahir Ağa’ya yeniden yaptırılmıştır. Külliyenin merkezini oluşturan cami, ortada 4 büyük ayağa dayanan büyük bir kubbe, yanlara doğru 4 yarım kubbeyle örtülüdür. Kare mekânın köşelerinde 4 küçük kubbe bulunmaktadır. Minareler 19. yüzyılda 2 şerefeli olarak yenilenmiştir. İç mekân barok kalem işleriyle süslüdür. Klasik Osmanlı medreseleri planındaki medreseler, revakların arkasına dizili odalar ve bir dershaneden oluşur. Caminin güneyindeki avluda yer alan türbeler Fatih Sultan Mehmet ve eşi Gülbahar Sultan’a ait olup işlevselliğin ön plana çıkarıldığı dikkati çekmektedir.
