Eyüp’te iskele yakınındadır. Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u aldıktan sonra yaptırdığı ilk yapı topluluğu olması açısından önemlidir. Fatih, 1458 yılında Ebu Eyyüb el-Ensari’nin kabri olarak bilinen yere türbe ve cami yaptırmıştır. Külliye, cami, türbe, medrese, imaret ve çifte hamamdan oluşmaktadır. Günümüze ulaşan cami 1798-1800 yıllarında Sultan III. Selim zamanında yapılmıştır.1724 yılında, III. Murat döneminde yapılan minareler korunmuştur. Ana mekân, ortada merkezi kubbe, yanlarda 8 yarım kubbeyle örtülüdür. Dışa taşkın 4 köşe mihrap da yarım kubbelidir. Avlusu 2 sütuna oturan 13 kubbeli revakla çevrelenmiştir. Cami avlusunun yanlarında medrese odaları yer alır. İmaret, kubbeli, 2 büyük mekândan oluşmaktadır. Eyüp Sultan Türbesi, küfeki taşından, 8 köşeli, kubbeli bir yapıdır. Türbenin iç duvarlarını süsleyen ak, mavi çiniler ve vitraylı pencereler 16. yüzyıldandır. Çinilerin üstünü yazı kuşağı dolanmaktadır. Caminin çevresinde; Ferhat Paşa Türbesi, Feridun Paşa Türbesi, Mehmet Paşa Türbesi, Siyavuş Paşa Türbesi, Pertev Mehmet Paşa Türbesi, Sokullu Mehmet Paşa Türbesi, Mustafa Bulak Paşa Türbesi, Hüsrev Paşa Türbesi, Mihrişah Sultan Türbesi, Sultan Reşat Türbesi bulunmaktadır. Çevredeki hazirede, tarihsel değeri olan lahitler ve mezar taşları yer almaktadır.
