Medrese, I. Alaaddin Keykubat zamanında, Selçuklu uç kumandanı Mübarizeddin Ertokuş tarafından H.621 / M.1224 yılında yaptırılmıştır. Medresenin taşları Agrai (Atabey) ve Seleukeia Sidera (Bayat) harabelerinden getirilmiştir. Medrese “Kapalı Tip Medrese” türüne girer ve dış avlu, iç avlu ile türbe ve medrese odalarından oluşur. Medresenin hücreleri zemin katta olup, üzerleri kubbelidir. İç avluda bir havuz ve üstünde ortası açık bir kubbe vardır. Bu kubbe yarım kemerlerle dört mermer direğe dayanmaktadır. Medresenin portali ve yan nişleri, daha sonraki Selçuklu Medreselerine göre daha sade bir tezyinatla işlenmiştir. Fakat bu sadelik içinde portal birkaç bordürle canlandırılarak olgun bir cephe tesiri yaratılmıştır. Medresenin içinde hiçbir dekor bulunmadığından, sadece mimarî kuvvete dayalı değişik bir mekan ifadesi elde edilmiştir. Burada büyüklük ve ahenk bakımından gerçekten az görülen tesire varılmıştır. Taş mihrabıyla Anadolu Selçuklu eserlerinin nadir örneklerindendir. l993 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edilmiştir.