Külliye avlusunun güneybatısındaki eğimli arazide bulunan Ümmühan Hatun Medresesi’nin inşa tarihlerini veren kitabeleri yoktur.
Ümmühan Hatun Medresesi, söylenceler dikkate alınarak 1208 yılına tarihlenmektedir. Selçuklu sultanlarından I. Gıyaseddin Keyhüsrev tarafından, ikinci saltanat (1205-11) döneminde inşa edilen medrese, doğu ve batısından üçer payenin taşıdığı revak kemerleriyle sınırlanmış kapalı avluludur.
Özgününde açık olan avlu, Osmanlı döneminde kapatılarak kuzey güney doğrultusunda ard arda sıralanmış üç kubbe ile örtülmüştür. Yapıya güney cephe ekseninde bulunan, dikdörtgen biçimli çerçeve içine alınmış basık kemerli bir kapıyla girilmektedir. Avlunun doğu ve batı yan kanatlarında birer eyvan bulunur. Yan eyvanlarla ön cephe arasında ikişer, türbe arasında birer oda bulunur. Medrese avlusunu örten pandantif geçişli kubbeler kuzeyden güneye doğru giderek küçülürler. Eyvan, oda ve revaklar sivri tonoz örtülüdür. Yapının duvar örgülerinde moloz ve kesme taş, kubbe ve tonoz örtülerinde tuğla kullanılmıştır. Yer yer devşirme malzemenin de kullanıldığı görülür.