Edirne'ye 1492'de sürüldükleri İspanya'dan ve sonraki dönemlerde Portekiz'den gelen Yahudiler, burada kendi cemaatleri için sinagoglar kurarlar ve zamanla bunların sayısı onüçe ulaşır.1903 yılında yaşanan Büyük Yangınla tüm sinagoglar tahrip olur. Bunun üzerine Yahudiler dönemin Padişahı Sultan II. Abdülhamid Han'a başvururlar. Sultan Abdülhamid Han'da tüm küçük sinagogların yerini alacak tek bir büyük Havra yapımı için 1906 yılında ferman verir. Bu ferman üzerine 1906 yılında başlayan inşaat 1907 yılında sona ermiş ve adı da Büyük Sinagog konmuştur.
Fransız Mimar Depre tarafından altı yüz erkek ve üç yüz kadını barındırabilecek büyüklükte inşa edilen Sinagog'un yanında bir Haham Lojmanı ve Yahudi Cemaati için bir de Okul inşa edilmiştir.
Yahudi Cemaatinin Edirne'den ayrılışları hız kazanınca ilgisizlik ve bakımsızlık sürecine giren Havra 1995 yılında Vakıflar Bölge Müdürlüğü'nün mülkiyetine geçer.5 Ocak 1997 tarihinde ise çökerek ön cephe dışında tamamen yıkılmıştır.
Sonraki yıllarda Trakya Üniversitesi ile kültür hizmetlerinde kullanılmak üzere, restorasyonunun gerçekleştirilmesi için bir devir anlaşması yapılmışsa da henüz bir netice alınamamıştır.