Ali Paşa Mahallesi’nde yer almaktadır. Bugün faal durumda olan tek kilisedir. Yapım tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Geç Roma dönemine tarihlenen bir kapısı ve mihrap üzerinde kalıntıları görülebilen mimari bezekler bulunmaktadır. Geçirdiği bir çok onarım sonucu planında değişiklikler olmuştur. En son 18. yüzyılda onarım görmüştür.
İç kalenin kuzeydoğu köşesinde yer alır. Yapım tarihi kesin olarak bilinememektedir. Ancak inşa tarzı ve yapıda kullanılan malzemeden dolayı M.S. 2. yüzyıla ait olduğu düşünülen kilise Artuklular döneminde sarayın hamamı olarak kullanılmıştır. Bazı kaynaklarda Artuklu hükümdarlarının bu hamamda ve sarayda Cizreli bilgin El Ceziri’nin imal ettiği mekanik sistemleri kullandıkları yazılmaktadır.
Hıristiyanlığın kabul edilmesinden önce puta tapanların kullandığı bir mabet olarak inşa edilen yapının ilk yapılış tarihi bilinmemektedir. Hıristiyanlığın resmi bir elin olmasından sonra bir takım eklemelerle yapı, kilise olarak kullanılmaya başlanmıştır. 1639 yılında Diyarbakır'ın islam orduları tarafından ele geçirilmesinden sonra camiye çevrilen kilisenin yerinde Ulu Cami bulunmaktadır.