Bozcaada’da Ayazma yolu üzeri, Palamar mevkii, ada merkezine 2 km. mesafededir. 10.235 m2 arazi içinde, tabanda 130 m2′lik kapalı sergileme alana sahip, ada mimarisine uygun kerevetli bağevi şeklindeki binasında Haziran 1998′den itibaren oluşmaya başlayan koleksiyon sergilenmektedir. Müzenin amacı; Bozcaada’nın yerel tarihini aydınlatacak; Yunan, Roma, Bizans, Rum, Osmanlı ve Türk kültürlerine yönelik her türlü orijinal belge ve objeyi kullanarak, Bozcaada’dan gelmiş geçmiş kültü
Bozcaada Kalesi iki küçük müzeyi barındırıyor. İç kaleye girişinde hemen sağda mahzen benzeri küçük bir odada arkeolojik buluntaları sergileniyor.