Halil Ağa Camisi’nin giriş kapısı üzerindeki iki satırlı kitabesinde Kethüda Halil Efendi tarafından 1643-1644 yıllarında yapıldığı yazılıdır.
Cami kare planlıdır. Üzeri kubbe ile örtülmüştür. Kuzey duvarından girilen ibadet mekanının mihrabı beş cepheli olup, doğu yönüne kaydırılmıştır. Mihrabın ve girişin iki yanında ikişer pencere, doğu ve batı duvarlarında altlı üstlü ikişer pencere ile aydınlatılmıştır. Cami moloz taş ve tuğladan yapılmış, pencere kemerleri ve saçak altında da testere dişi frizler uygulanmıştır. Caminin güneyinde ikinci bir giriş bulunmaktadır.
Caminin kuzey köşesinde beşgen minare kaidesi, kesme taştan olup, gövde ve şerefe ve petek tuğladan yapılmıştır. Cami içerisindeki kalem işi ve ahşap süslemeleri ile dikkati çekmektedir. Kubbe eteğinde kıvrık dal motifleri, kubbenin ortasında güneş ışınlarını andıran bir yarım daire ve bunun çevresinde çiçekli dal motifleri bulunmaktadır. Ahşap süsleme ise, mihrap önündeki tavan göbeğinde ve minberde görülmektedir. Özellikle minber korkulukları ajur tekniği ile yapılmıştır.