Günümüzde müze olarak kullanılmakta olan Trabzon Ayasofya Kilisesi, Trabzon İmparatorluğu krallarından 1. Manuel Komnenos zamanında (1238-1263) inşa edilmiştir. İngiliz seyyah ve araştırmacı G. Finlay tarafından 1427 yılına tarihlenen Çan Kulesi kilisesinin batısında yer almaktadır. Kilisenin kuzeyinde bulunan üç apsisli şapel kalıntısı ise daha erken bir döneme ait olmalıdır.
Fatih Sultan Mehmet’in Trabzon’u fethini takiben yapı, camiye çevrilmiş ve vakıf eser olmuştur. Ayasofya, yüzyıllar boyun-ca şehri ziyarete gelen seyyah ve araştırmacıların ilgisini çekmiştir. Trabzon üzerine anlattıkları ile ünlü Evliya Çelebi (1648), Pitton Tournefort (1701), Hamilton (1836), Texier (18649), Trabzon Şakir Şevket (1878) ve Lynch (1893) yapıya önem veren kişiler arasındadır.1868 yılında harap durumda olan caminin Bursalı Rıza Efendi’nin teşvikleriyle yeni baştan onarıldığı bilinmektedir.
I. Dünya Savaşı yıllarında sırasıyla depo, hastane daha sonraları yine cami olarak kullanılmıştır.1958-1962 yılları arasın-da Vakıflar Genel Müdürlüğü ve Edinburg Üniversitesinin işbirliği ile restore edilerek 1964 yılından sonra müze olarak ziyarete açılmıştır.
Geç Bizans kiliselerinin güzel bir örneği olan yapı, kare-haç planlıdır ve yüksek bir merkezi kubbeye sahiptir. Nartex denilen giriş holüne sahip olan bina üç neflidir. Neflerden ortadaki beş köşeli, yanlardakiler ise yuvarlak bir apsisle son bulmaktadır. Nartex’in üzerinde şapel vardır. Yapının kuzey, batı ve güneyinde üç revaklı giriş bulunmaktadır.
Kubbe ve kasnağı oniki köşelidir. Kubbe mono blok dört mermer sütun, kemerler ve pandantiflerle taşınmaktadır. Yapı ana kubbenin etrafında değişik tonozlarla örtülmüş, çatı farklı yükseklikler verilerek kiremitle kaplanmıştır.
Üstün bir işçiliğin görüldüğü taş plastiklerde Hıristiyan sanatının yanı sıra Selçuklu Dönemi İslam sanatının da etkileri görülmektedir. Kuzey ve batıdaki revak cephelerinde görülen geometrik geçmeli bezemeleri içeren madalyonlarla, batı cephesinde görülen mukarnaslı nişler Selçuklu taş işlemelerindeki özellikleri taşımaktadır. Binanın en görkemli cephesi güneyidir. Burada Adem’le Havva’nın yaratılışı kabartma olarak bir friz halinde anlatılmıştır.
Güney cephedeki kemerin kilit taşı üzerinde Trabzon’da 257 yıl hüküm süren Komnenosların sembolü olan tek başlı kartal motifi bulunmaktadır. Benzer bir kartal tasviri ana apsisin dışında doğu tarafta yer alır. Bu cephede, kentavr grifon gibi karışık varlıklar, güvercinler, merkezlerinde yıldız ve hilal bulunan kare panolar, içleri bitkisel motifli madalyonlar yer almaktadır.
Yapının ana kubbesinin altına rastlayan kısmında opus-sectile tarzında çok renkli mermerden yapılmış bir yer mozaiği bulunmaktadır.
Ayasofya’nın süslemelerinin önemli bölümünü meydana getiren fresklerde İncil’den alınmış konular canlandırılmıştır. Kubbede ana tasvir Hz. İsa’nın tanrısal yönünü aksettiren Pantacrator İsa’dır. Bunun altında bir kitabe kuşağı, daha altta ise melekler frizi bulunur. Pencere aralarında on iki havari tasvir edilmiştir.
Pandantiflerde değişik kompozisyonlar yer almaktadır. İsa’nın doğumu, vaftizi, çarmıha gerilişi, kıyamet günü gibi sahneler betimlenmiştir. Binanın arka kemerleri üzerindeki dairesel madalyonlarda portrelere yer verilmiştir. Yapının tonozlarında da İncil’ den alınmış dini sahneler canlandırılmıştır.