Halil-ür Rahman Gölü'nün kuzeyinde Vali Fuat Caddesi (Büyükyol-Yeniyol) üzerinde yer alan eski bir Ermeni Kilisesi iken, mihrap üzerindeki kitabeye göre 1956 yılında camiye çevrilmiştir. Kaynaklara göre Hıristiyanlık açısından büyük önem taşıyan ve Van bölgesindeki Varak Manastırında bulunan “Varak Haçı” 1092 de Urfa’ya getirilerek Bu kiliseye (Aziz Havariyun Kilisesi) konulmuştur.
Kilise camiye çevrilirken güneydeki pencerelerden biri mihrap haline getirilmiş ve güney duvarın ortasında bulunan yarım sütunun önüne taş minber yapılmıştır.
Kilise, 1956 yılında camiye çevrilmeden önce bir süre cezaevi olarak da kullanılmıştır.