Orta Anadolu arkeolojisinin kronolojik düzenle sunulduğu 6 teşhir salonu bulunmaktadır. Eserlerin büyük bir çoğunluğu bölgede yapılmakta olan kazılardan elde edilen buluntular oluşturmaktadır.
1. SALON: Bölgede, Neolitik Çağa tarihlenen Pınarbaşı Höyük, Köşk Höyük, Tepecik Höyüğü ve Kaletepe Obsidiyen Atölyesi kazılarında bulunan Obsidiyen aletler ile Neolitik ve Kalkolitik Çağ'ın önemli merkezi durumundaki Köşk Höyük kazılarından ele geçirilen ünik eserler, mezar buluntuları, tanrı ve tanrıça heykelcikleri, antropomorfik vazo ile M. Ö.4883 yılına tarihlenen “Köşk Höyük Kalkolitik Ev”inin birebir kurgusu teşhir edilmektedir. Bu nedenle de salon, “Köşk Höyük Salonu” olarak adlandırılır.
II. SALON: I. büyük vitrinde, Eski Tunç Çağına (M. Ö. III. Bin yıl) tarihlenen Çamardı İlçesi, Celaller Köyü, Göltepe Höyüğü kazılarında ele geçen madencilere ait buluntularla, höyüğün karşısında yer alan Kestel antik kalay maden ocağındaki galeri girişinin kurgusu teşhir edilmektedir. Yine, Acemhöyük kazıları ile Ulukışla, Darboğaz Kasabası’ndan getirilen eserler de bu vitrindedir. İkinci büyük vitrinde ise; Asur Ticaret Kolonileri Çağı’nın önemli merkezi olan Acemhöyük (Puruşhanda) kazısında açığa çıkarılan saray buluntuları sergilenmektedir.
III. SALON: “Geç Hitit- Frig Salonu” (M. Ö. I. Bin yıl) Hitit İmparatorluğunun yıkılmasından sonra, Anadolu’da ortaya çıkan Geç Hitit şehir devletlerinden Nahita ve Tuvanuva krallıklarına ait fırtına ve bereket tanrısı stelleri, Hitit Hiyeroglifiyle yazılmış kitabeler, Kaynarca Tümülüsü buluntuları, Frig dönemi seramikleri ve “Göllüdağ Aslanı” sergilenmektedir.
IV. SALON: Helenistik, Roma ve Bizans Dönemi buluntularına ayrılmıştır. Salonun bir bölümünde, il sınırları dâhilinde olan Tepebağları, Porsuk Höyük ve Acemhöyük kazılarında ele geçirilen buluntular ile satın alım ve zor alım yoluyla kazandırılan pişmiş toprak ve cam eserler, mühür baskıları, Roma Dönemi Heykelcikleri ve Bizans Dönemi eserleri yer almaktadır. Salonun diğer bölümünde ise, Tyana’da açığa çıkarılan ve M. S. II. yy. Roma İmparatorluk Dönemine tarihlenen heykeltıraşlık ürünleri ile mezar stelleri sergilenmektedir.
V. SALON: Sikke ve mumyalar teşhir edilmektedir.
A-Sikke Bölümü: Sikke basım tekniği ve genel tanımlar, iki pano halinde tanıtılmış, 6 büyük duvar vitrini içerisine, kronolojik sırayla Grek, Helenistik, Roma, Bizans ve İslami-Osmanlı dönemi sikkeleri ile Selçuklulardan kalma gümüş define ile Kapadokya Krallığına ait Tepebağları definesi yer alır.
B-Mumya Bölümü: Aksaray Ihlara Vadisi’nde bulunan “Rahibe Mumyası” (X. yy.) ile Çanlı Kilise’den çıkarılan 4 adet bebek mumyası (XIII. yy.) sergilenmektedir.
VI. SALON: “Etnoğrafik Eserler Salonu”: Bölgenin kaybolmaya yüz tutmuş etnoğrafik kültürünün tanıtıldığı salonda silahlar, el yazmaları, yazı takımları, aydınlatma araçları, halılar, kilimler, âlemler, takılar ve İlhanlı Döneminden kalma eserlerin yanında Kaçar Türklerine ait bir sini teşhir edilmektedir. Salonda birde şark köşesi oluşturulmuştur.