Bölgenin bilinen en eski kaya kilisesi olup 4 mekândan oluşur Tek Nefli Eski Kilise, Yeni Kilise, Eski Kilise’nin altındaki kilise, Yeni Kilise’nin kuzeyindeki Yan Şapel.10. yüzyılın başlarına tarihlenen Eski Kilise, bugün Yeni Kilisenin giriş mekânı şeklinde ise de orijinalde tek nefli, beşik tonozlu bir yapıdır. Doğusuna Yeni Kilisenin eklenmesi sırasında apsisi tamamen yıkılmıştır. Sahneler tonoz yüzeyine ve duvarların üst bölümüne yerleştirilmiştir. Hz. İsa'nın hayatını kapsayan siklus tonozda panellere ayrılmış olup, sahneler sağ kanatta başlayıp sol kanata doğru takip etmektedir.
Sahneler; tonozun ortasında aziz tasvirleri, sağ kanadında üst panelde “Müjde”, “Ziyaret”, “Bakireliğin İspatı”, “Beytüllahim'e Yolculuk”, “Doğum”, sol kanattaki üst panelde “Üç Müneccimin Tapınması”, “Masum Çocukların Katliamı”, “Mısır'a Kaçış”, “Hz. İsa'nın Mabede Takdimi”, “Zekeriya'nın Öldürülmesi”, sağ kanattaki orta panelde “Elizabeth'in Takip Edilmesi”, “Vaftizci Yahya'nın Görevlendirilmesi”, “Vaftizci Yahya'nın Kehanetleri”, “Hz. İsa'nın Vaftizci Yahya ile Buluşması”, “Vaftiz”, “Kana Düğünü”, sol kanattaki orta panelde “Şarap Mucizesi”, “Ekmeklerin ve Balıkların Çoğaltılması”, “Havarilerin Görevlendirilmesi”, “Kör Adamın İyileştirilmesi”, “Lazarus'un Diriltilmesi”, sağ kanattaki alt panelde “Kudüs'e Giriş”, “Son Akşam Yemeği”, “İhanet”, “Hz. İsa Platus Önünde”, sol kanattaki alt panelde “Hz. İsa Golgota Yolunda”, “Hz. İsa Çarmıhta”, “Hz. İsa'nın Çarmıhtan İndirilmesi”, “İsa'nın Gömülmesi”, “Kadınlar Boş Mezar Başında”, “Hz. İsa'nın Cehenneme İnişi”, “Hz. İsa'nın Göğe Çıkışı”. Bu panelin altında aziz tasvirleri; girişin üstünde ise “Başkalaşım” sahnesi yer almaktadır.
Yeni Tokalı, enlemesine dikdörtgen planlı, basit beşik tonozludur. Doğu duvarında kemerlerle birbirine bağlı dört sütun, sütunların arkasında yükseltilmiş bir koridor, koridordan sonra ana apsis ile iki yan apsis yer alır. Beşik tonozlu nefinde Hz. İsa'nın siklusu kronolojik sıraya göre daha çok kırmızı ve mavi renkler kullanılarak işlenmiştir. Koyu mavi renk, Tokalı Kilise'yi diğer kiliselerden ayıran en önemli özelliktir.
Enlemesine nefte, Aziz Basil'in hayatı, çeşitli azizlerin tasvirleri ve çoğunluk Hz. İsa'nın mucizelerine ait sahneler yer almaktadır. Kilise 10. yüzyılın sonuna ve 11. yüzyılın başına tarihlenmektedir.