Cami, İlçe merkezindeki Kubat Paşa Medresesi’nin kuzeybatısında yer almaktadır. Tarsus Müzesi tarafından Makamı-ı Danyal Camii’nde yapılan kurtarma kazıları sonucunda camii içinde bulunan temsili mezarın altında, rivayetlerde anlatılan bir türbe yapısına ulaşılmıştır.1857 yılında yapılan camiinin adı o dönemde yerin kutsallığına inanılmasından dolayı Makam-ı Danyal Camii olarak adlandırılmıştır.
Yahudiler, Hıristiyanlar ve Müslümanların saygı gösterdiği bir peygamber olan Danyal Peygamber’in yaşamıyla ilgili az yazılı kaynağın aksine, sözlü anlatım fazladır. Yüzyıllardır süregelen bu sözlü anlatımlardan yola çıkılarak Danyal Peygamber’in Tarsus’ta gömüldüğü halk tarafından kabul edilir.
Hz. Danyal'ın (A. S.) türbesinin (Makamı) bulunduğu ve eski kentin Ulu Cami ile birlikte merkezini oluşturan Makam Camii, birçok eklentilerle günümüze ulaşmıştır. En eski bölümü olan Daniyal Peygamberin kabrinin bulunduğu hücrenin ve güneye yönelen namazgahın, caminin son cemaat mahallinde yer alan bir yazıttan, 1857 (H.1274) yılında bir hayırsever tarafından yaptırıldığı anlaşılmaktadır. On yıl sonra da Arnavut Salih Ağa tarafından bir minare eklenmiştir (M.1867H.1284)10.
Hz. Danyal (A. S.) II. Babil Kralı Nebukadnesar (M. Ö.605-562) zamanında yaşamış, bilime olan ilgisi yanında iyi bir idareci olarak tanınmıştır. Rivayete göre; Nebukadnesar rüyasında İsmail oğullarından gelecek bir erkek çocuğun kendi tahtını sarsacağını öğrenince İsmail oğullarından doğan tüm erkek çocukların öldürülmesini emreder. Hz. Daniyal doğunca ailesi onu bir mağaraya bırakır ve burada biri erkek ve diğeri dişi iki aslan tarafından büyütülür. Olgunluk çağına gelince de tekrar kavmi arasına karışır ve Yahudileri Babil esaretinden ilmi ve kehanetleri ile kurtarmış bir peygamberdir.
Hz. Daniyal bulunduğu yerde bereketi artırmasıyla birçok çağrı almış ve bir kıtlık zamanında da Tarsus'a davet edilmiştir. Bu tarihten sonra Tarsus'a yerleşen ve ölünce de buraya gömülen Hz. Daniyal, Tevrat'ta yer alan ve Hz. Davut'un soyundan gelen Yahudi peygamberleri arasında sayılmaktadır. Mezarı uzun bir süre unutulmuşsa da Hicri 17 yılında Hz. Ömer'in komutanlarından Ebu Musa El-Eş'ari tarafından fark edilmiştir. Mezarı açılınca büyük bir lahit içerisinde altın iplikle dokunmuş kumaşa sarılı gayet uzun boylu bir ceset bulunmuştur. Başından geçen macerayı sembolize eden iki aslan tarafından yalanan bir çocuk figürünün bulunduğu yüzüğü fark edilince de Danyal peygamber olduğu anlaşılmıştır. Bunun üzerine Hz. Ömer Danyal Peygamberin cesedinin, Yahudiler tarafından çalınmasını önlemek için daha derine defnettirmiş ve üzerinden de Berdan Nehrinin eski yatağından geriye kalan küçük bir ırmağı geçirmiştir. Çok yakın bir tarihte caminin tamiratı sırasında alt kısmında, suyun giriş yerinde kalın ve muntazam mazgal demirleri ortaya çıkmıştır. Danyal Peygamberin mezarı bu mazgallardan geçen suyun çok aşağısındadır.