Külliyenin kuzeyindeki kervansaray cami avlusu ile ortadaki dört sivri kemere oturan Dua Kubbesi’nin bulunduğu yolun iki tarafında yer almaktadır. Doğusunda hamama kadar uzanan ahşap çatılı, yuvarlak kemerli dükkanlar sıralanmıştır.
Külliyenin merkezi kubbeli anıtsal girişinden kervansaraya geçilmektedir. Kervansarayın girişinde bulunan h.977 (1569) tarihli kitabe Karahisari’nin öğrencilerinden Hasan Çelebi tarafından yazılmıştır. Bu kitabede “Bu kervansaraya gelen oldu hep revan” yazılıdır. Ebced hesabına göre bu yazı 1569 tarihine işaret etmektedir. Ayrıca kitabenin ikinci satırında da “Vezir-i Azam-ı Sultan Selim Han” yazılı olup, Sokullu’nun bu külliyeyi yaptırdığı yazılmıştır. Bu kitabenin Şair Hidai tarafından yazıldığı da söylenmektedir.
Kervansarayın kapısı , iki ocaklı mutfağı, temel ve dış dükkan kemerleri iyi bir durumdadır. Eski resimlerinden anlaşıldığına göre kervansaray meyilli ahşap çatılı, beş avlu etrafında 150 odalı olduğu ve iki de ahırı bulunduğu anlaşılmaktadır. Kervansarayın harem, ahırlar, deve ahırları ayrı ayrı avlular etrafında toplanmıştır. Evliya Çelebi buradan “…150 odalı büyük bir handır” dedikten sonra büyük bir inzam ve emniyet bulunduğunu, akşamları davul çalınarak kapıların kapandığını, bundan sonra kimsenin dışarı çıkmasına izin verilmediğini, yalnızca gelenlerin içeri alındığını belirtmektedir.